Characterization of cell-free breast cancer patient-derived scaffolds using liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry data and RNA sequencing data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Jonasson Emma 1987) > Characterization of...

Characterization of cell-free breast cancer patient-derived scaffolds using liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry data and RNA sequencing data

Landberg, Göran, 1963 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Jonasson, Emma, 1987 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),University of Gothenburg, Sweden

Gustafsson, Anna (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

visa fler...

Fitzpatrick, Paul A. (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Isakson, Pauline (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Karlsson, Joakim (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology,University of Gothenburg, Sweden

Larsson, Erik, 1975 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Svanström, Andreas (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Rafnsdottir, Svanheidur (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Persson, Emma, 1989 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine

Andersson, Daniel, 1979 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),University of Gothenburg, Sweden

Rosendahl, Jennifer (författare): RISE,Kemi, biomaterial och textil

Petronis, Sarunas (författare): RISE,Kemi, biomaterial och textil

Ranji, Parmida (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Gregersson, Pernilla (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Magnusson, Ylva, 1967 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden

Håkansson, Joakim (författare): RISE,Kemi, biomaterial och textil

Ståhlberg, Anders, 1975 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden; Sahlgrenska University Hospital, Sweden

visa färre...

(creator_code:org_t)

Elsevier BV, 2020
2020
Engelska.
Ingår i: Data in Brief. - : Elsevier BV. - 2352-3409. ; 31

Relaterad länk:: https://doi.org/10.1...; visa fler...; https://doi.org/10.1...; https://gup.ub.gu.se...; https://doi.org/10.1...; https://urn.kb.se/re...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Patient-derived scaffolds (PDSs) generated from primary breast cancer tumors can be used to model the tumor microenvironment in vitro . Patient-derived scaffolds are generated by repeated detergent washing, removing all cells. Here, we analyzed the protein composition of 15 decellularized PDSs using liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry. One hundred forty-three proteins were detected and their relative abundance was calculated using a reference sample generated from all PDSs. We performed heatmap analysis of all the detected proteins to display their expression patterns across different PDSs together with pathway enrichment analysis to reveal which processes that were connected to PDS protein composition. This protein dataset together with clinical information is useful to investigators studying the microenvironment of breast cancers. Further, after repopulating PDSs with either MCF7 or MDA-MB-231 cells, we quantified their gene expression profiles using RNA sequencing. These data were also compared to cells cultured in conventional 2D conditions, as well as to cells cultured as xenografts in immune-deficient mice. We investigated the overlap of genes regulated between these different culture conditions and performed pathway enrichment analysis of genes regulated by both PDS and xenograft cultures compared to 2D in both cell lines to describe common processes associated with both culture conditions. Apart from our described analyses of these systems, these data are useful when comparing different experimental model systems. Downstream data analyses and interpretations can be found in the research article "Patient-derived scaffolds uncover breast cancer promoting properties of the microenvironment" [1] . (C) 2020 The Authors. Published by Elsevier Inc.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)

Nyckelord

Breast cancer
Patient-derived scaffolds
Extracellular matrix
Liquid
chromatography-mass
spectrometry
mass spectrometry
RNA sequencing
3d
cell culture
Science & Technology - Other Topics
3d cell culture

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Data in Brief (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Artiklar i publikationen: Data in Brief

Av lärosätet: Göteborgs universitet; RISE

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se