Genomic Characterization of the Barnacle Balanus improvisus Reveals Extreme Nucleotide Diversity in Coding Regions

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Blomberg Björn) > Genomic Characteriz...

Alm Rosenblad, Magnus,1957Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,Univ Gothenburg, Dept Chem & Mol Biol, Gothenburg, Sweden. (författare)

Genomic Characterization of the Barnacle Balanus improvisus Reveals Extreme Nucleotide Diversity in Coding Regions

Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2021-05-01
Springer Science and Business Media LLC,2021

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/308631
https://gup.ub.gu.se/publication/308631URI
https://doi.org/10.1007/s10126-021-10033-8DOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-454464URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Barnacles are key marine crustaceans in several habitats, and they constitute a common practical problem by causing biofouling on man-made marine constructions and ships. Despite causing considerable ecological and economic impacts, there is a surprising void of basic genomic knowledge, and a barnacle reference genome is lacking. We here set out to characterize the genome of the baybarnacle Balanus improvisus (= Amphibalanus improvisus) based on short-read whole-genome sequencing and experimental genome size estimation. We show both experimentally (DNA staining and flow cytometry) and computationally (k-mer analysis) that B. improvisus has a haploid genome size of ~ 740 Mbp. A pilot genome assembly rendered a total assembly size of ~ 600 Mbp and was highly fragmented with an N50 of only 2.2 kbp. Further assembly-based and assembly-free analyses revealed that the very limited assembly contiguity is due to the B. improvisus genome having an extremely high nucleotide diversity (π) in coding regions (average π ≈ 5% and average π in fourfold degenerate sites ≈ 20%), and an overall high repeat content (at least 40%). We also report on high variation in the α-octopamine receptor OctA (average π = 3.6%), which might increase the risk that barnacle populations evolve resistance toward antifouling agents. The genomic features described here can help in planning for a future high-quality reference genome, which is urgently needed to properly explore and understand proteins of interest in barnacle biology and marine biotechnology and for developing better antifouling strategies. © 2021, The Author(s).

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Ekologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Ecology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER Naturresursteknik Marin teknik hsv//swe
ENGINEERING AND TECHNOLOGY Environmental Engineering Marine Engineering hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
Balanus improvisus
Barnacle
Genome
Nucleotide diversity
Octopamine receptor
Genes
Marine biology
Antifouling strategies
Ecological and economic
Genomic characterization
Marine biotechnology
Practical problems
Whole genome sequencing
Nucleotides
Genome

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Abramova, Anna,1990Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,Univ Gothenburg, Dept Chem & Mol Biol, Gothenburg, Sweden.(Swepub:gu)xaannn (författare)
Lind, UlrikaGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,Univ Gothenburg, Dept Chem & Mol Biol, Gothenburg, Sweden.(Swepub:gu)xlulrg (författare)
Ólason, Páll I.Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)palol405 (författare)
Giacomello, S.Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Natl Bioinformat Infrastruct Sweden, Sci Life Lab, Box 1031, S-17121 Solna, Sweden. (författare)
Nystedt, Björn,1978-Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)bjsal623 (författare)
Blomberg, Anders,1956Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,Univ Gothenburg, Dept Chem & Mol Biol, Gothenburg, Sweden.(Swepub:gu)xbloan (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för kemi och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Marine Biotechnology: Springer Science and Business Media LLC23, s. 402-4161436-22281436-2236

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Marine Biotechnology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Alm Rosenblad, M ...; Abramova, Anna, ...; Lind, Ulrika; Ólason, Páll I.; Giacomello, S.; Nystedt, Björn, ...; visa fler...; Blomberg, Anders ...; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Naturresurstekni ...; och Marin teknik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

Artiklar i publikationen: Marine Biotechno ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se