QUAREP-LiMi: A community-driven initiative to establish guidelines for quality assessment and reproducibility for instruments and images in light microscopy

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Del Nery E.) > QUAREP-LiMi: A comm...

Nelson, G. (författare)

QUAREP-LiMi: A community-driven initiative to establish guidelines for quality assessment and reproducibility for instruments and images in light microscopy

Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2021-08-11
Wiley,2021

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/309127
https://gup.ub.gu.se/publication/309127URI
https://doi.org/10.1111/jmi.13041DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

A modern day light microscope has evolved from a tool devoted to making primarily empirical observations to what is now a sophisticated , quantitative device that is an integral part of both physical and life science research. Nowadays, microscopes are found in nearly every experimental laboratory. However, despite their prevalent use in capturing and quantifying scientific phenomena, neither a thorough understanding of the principles underlying quantitative imaging techniques nor appropriate knowledge of how to calibrate, operate and maintain microscopes can be taken for granted. This is clearly demonstrated by the well-documented and widespread difficulties that are routinely encountered in evaluating acquired data and reproducing scientific experiments. Indeed, studies have shown that more than 70% of researchers have tried and failed to repeat another scientist's experiments, while more than half have even failed to reproduce their own experiments. One factor behind the reproducibility crisis of experiments published in scientific journals is the frequent underreporting of imaging methods caused by a lack of awareness and/or a lack of knowledge of the applied technique. Whereas quality control procedures for some methods used in biomedical research, such as genomics (e.g. DNA sequencing, RNA-seq) or cytometry, have been introduced (e.g. ENCODE), this issue has not been tackled for optical microscopy instrumentation and images. Although many calibration standards and protocols have been published, there is a lack of awareness and agreement on common standards and guidelines for quality assessment and reproducibility. In April 2020, the QUality Assessment and REProducibility for instruments and images in Light Microscopy (QUAREP-LiMi) initiative was formed. This initiative comprises imaging scientists from academia and industry who share a common interest in achieving a better understanding of the performance and limitations of microscopes and improved quality control (QC) in light microscopy. The ultimate goal of the QUAREP-LiMi initiative is to establish a set of common QC standards, guidelines, metadata models and tools, including detailed protocols, with the ultimate aim of improving reproducible advances in scientific research. This White Paper (1) summarizes the major obstacles identified in the field that motivated the launch of the QUAREP-LiMi initiative; (2) identifies the urgent need to address these obstacles in a grassroots manner, through a community of stakeholders including, researchers, imaging scientists, bioimage analysts, bioimage informatics developers, corporate partners, funding agencies, standards organizations, scientific publishers and observers of such; (3) outlines the current actions of the QUAREP-LiMi initiative and (4) proposes future steps that can be taken to improve the dissemination and acceptance of the proposed guidelines to manage QC. To summarize, the principal goal of the QUAREP-LiMi initiative is to improve the overall quality and reproducibility of light microscope image data by introducing broadly accepted standard practices and accurately captured image data metrics.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Fysik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Physical Sciences hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine hsv//eng
confocal
light microscopy
metadata
quality assessment
quality
control
reproducibility
widefield
minimum information
resolution
Microscopy

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Boehm, U. (författare)
Bagley, S. (författare)
Bajcsy, P. (författare)
Bischof, J. (författare)
Brown, C. M. (författare)
Dauphin, A. (författare)
Dobbie, I. M. (författare)
Eriksson, J. E. (författare)
Faklaris, O. (författare)
Fernandez-Rodriguez, Julia,1965Gothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Centre for Cellular Imaging,Core Facilities, Centre for Cellular Imaging(Swepub:gu)xferju (författare)
Ferrand, A. (författare)
Gelman, L. (författare)
Gheisari, A. (författare)
Hartmann, H. (författare)
Kukat, C. (författare)
Laude, A. (författare)
Mitkovski, M. (författare)
Munck, S. (författare)
North, A. J. (författare)
Rasse, T. M. (författare)
Resch-Genger, U. (författare)
Schuetz, L. C. (författare)
Seitz, A. (författare)
Strambio-De-Castillia, C. (författare)
Swedlow, J. R. (författare)
Alexopoulos, I. (författare)
Aumayr, K. (författare)
Avilov, S. (författare)
Bakker, G. J. (författare)
Bammann, R. R. (författare)
Bassi, A. (författare)
Beckert, H. (författare)
Beer, S. (författare)
Belyaev, Y. (författare)
Bierwagen, J. (författare)
Birngruber, K. A. (författare)
Bosch, M. (författare)
Breitlow, J. (författare)
Cameron, L. A. (författare)
Chalfoun, J. (författare)
Chambers, J. J. (författare)
Chen, C. E. L. (författare)
Conde-Sousa, E. (författare)
Corbett, A. D. (författare)
Cordelieres, F. P. (författare)
Del Nery, E. (författare)
Dietzel, R. (författare)
Eismann, F. (författare)
Fazeli, E. (författare)
Felscher, A. (författare)
Fried, H. (författare)
Gaudreault, N. (författare)
Goh, W. I. (författare)
Guilbert, T. (författare)
Hadleigh, R. (författare)
Hemmerich, P. (författare)
Holst, G. A. (författare)
Itano, M. S. (författare)
Jaffe, C. B. (författare)
Jambor, H. K. (författare)
Jarvis, S. C. (författare)
Keppler, A. (författare)
Kirchenbuechler, D. (författare)
Kirchner, M. (författare)
Kobayashi, N. (författare)
Krens, G. (författare)
Kunis, S. (författare)
Lacoste, J. (författare)
Marcello, M. (författare)
Martins, G. G. (författare)
Metcalf, D. J. (författare)
Mitchell, C. A. (författare)
Moore, J. (författare)
Mueller, T. (författare)
Nelson, M. S. (författare)
Ogg, S. (författare)
Onami, S. (författare)
Palmer, A. L. (författare)
Paul-Gilloteaux, P. (författare)
Pimentel, J. A. (författare)
Plantard, L. (författare)
Podder, S. (författare)
Rexhepaj, E. (författare)
Royon, A. (författare)
Saari, M. A. (författare)
Schapman, D. (författare)
Schoonderwoert, V. (författare)
Schroth-Diez, B. (författare)
Schwartz, S. (författare)
Shaw, M. (författare)
Spitaler, M. (författare)
Stoeckl, M. T. (författare)
Sudar, D. (författare)
Teillon, J. (författare)
Terjung, S. (författare)
Thuenauer, R. (författare)
Wilms, C. D. (författare)
Wright, G. D. (författare)
Nitschke, R. (författare)
Göteborgs universitetCore Facilities, Centre for Cellular Imaging (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Microscopy: Wiley284:1, s. 56-730022-27201365-2818

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Microscopy (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Nelson, G.; Boehm, U.; Bagley, S.; Bajcsy, P.; Bischof, J.; Brown, C. M.; visa fler...; Dauphin, A.; Dobbie, I. M.; Eriksson, J. E.; Faklaris, O.; Fernandez-Rodrig ...; Ferrand, A.; Gelman, L.; Gheisari, A.; Hartmann, H.; Kukat, C.; Laude, A.; Mitkovski, M.; Munck, S.; North, A. J.; Rasse, T. M.; Resch-Genger, U.; Schuetz, L. C.; Seitz, A.; Strambio-De-Cast ...; Swedlow, J. R.; Alexopoulos, I.; Aumayr, K.; Avilov, S.; Bakker, G. J.; Bammann, R. R.; Bassi, A.; Beckert, H.; Beer, S.; Belyaev, Y.; Bierwagen, J.; Birngruber, K. A ...; Bosch, M.; Breitlow, J.; Cameron, L. A.; Chalfoun, J.; Chambers, J. J.; Chen, C. E. L.; Conde-Sousa, E.; Corbett, A. D.; Cordelieres, F. ...; Del Nery, E.; Dietzel, R.; Eismann, F.; Fazeli, E.; Felscher, A.; Fried, H.; Gaudreault, N.; Goh, W. I.; Guilbert, T.; Hadleigh, R.; Hemmerich, P.; Holst, G. A.; Itano, M. S.; Jaffe, C. B.; Jambor, H. K.; Jarvis, S. C.; Keppler, A.; Kirchenbuechler, ...; Kirchner, M.; Kobayashi, N.; Krens, G.; Kunis, S.; Lacoste, J.; Marcello, M.; Martins, G. G.; Metcalf, D. J.; Mitchell, C. A.; Moore, J.; Mueller, T.; Nelson, M. S.; Ogg, S.; Onami, S.; Palmer, A. L.; Paul-Gilloteaux, ...; Pimentel, J. A.; Plantard, L.; Podder, S.; Rexhepaj, E.; Royon, A.; Saari, M. A.; Schapman, D.; Schoonderwoert, ...; Schroth-Diez, B.; Schwartz, S.; Shaw, M.; Spitaler, M.; Stoeckl, M. T.; Sudar, D.; Teillon, J.; Terjung, S.; Thuenauer, R.; Wilms, C. D.; Wright, G. D.; Nitschke, R.; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Fysik

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin

Artiklar i publikationen: Journal of Micro ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se