WFRF:(Penninger J)
Sökning: WFRF:(Penninger J) > Community evaluatio...
- Kawahara, R. (författare)
Community evaluation of glycoproteomics informatics solutions reveals high-performance search strategies for serum glycopeptide analysis
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2021-11-01
- Springer Science and Business Media LLC,2021
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/311196
- https://gup.ub.gu.se/publication/311196URI
- https://doi.org/10.1038/s41592-021-01309-xDOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Glycoproteomics is a powerful yet analytically challenging research tool. Software packages aiding the interpretation of complex glycopeptide tandem mass spectra have appeared, but their relative performance remains untested. Conducted through the HUPO Human Glycoproteomics Initiative, this community study, comprising both developers and users of glycoproteomics software, evaluates solutions for system-wide glycopeptide analysis. The same mass spectrometrybased glycoproteomics datasets from human serum were shared with participants and the relative team performance for N- and O-glycopeptide data analysis was comprehensively established by orthogonal performance tests. Although the results were variable, several high-performance glycoproteomics informatics strategies were identified. Deep analysis of the data revealed key performance-associated search parameters and led to recommendations for improved 'high-coverage' and 'high-accuracy' glycoproteomics search solutions. This study concludes that diverse software packages for comprehensive glycopeptide data analysis exist, points to several high-performance search strategies and specifies key variables that will guide future software developments and assist informatics decision-making in glycoproteomics. This analysis presents the results of a community-based evaluation of existing software for large-scale glycopeptide data analysis.
Ämnesord och genrebeteckningar
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin hsv//swe
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine hsv//eng
- mass-spectrometry
- glycosylation analysis
- liquid-chromatography
- o-glycopeptides
- identification
- glycomics
- proteins
- cell
- sialylglycopeptide
- algorithm
- Biochemistry & Molecular Biology
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Chernykh, A. (författare)
- Alagesan, K. (författare)
- Bern, M. (författare)
- Cao, W. Q. (författare)
- Chalkley, R. J. (författare)
- Cheng, K. (författare)
- Choo, M. S. (författare)
- Edwards, N. (författare)
- Goldman, R. (författare)
- Hoffmann, M. (författare)
- Hu, Y. W. (författare)
- Huang, Y. F. (författare)
- Kim, J. Y. (författare)
- Kletter, D. (författare)
- Liquet, B. (författare)
- Liu, M. Q. (författare)
- Mechref, Y. (författare)
- Meng, B. (författare)
- Neelamegham, S. (författare)
- Nguyen-Khuong, T. (författare)
- Nilsson, Jonas,1970Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine(Swepub:gu)xnjoni (författare)
- Pap, A. (författare)
- Park, G. W. (författare)
- Parker, B. L. (författare)
- Pegg, C. L. (författare)
- Penninger, J. M. (författare)
- Phung, T. K. (författare)
- Pioch, M. (författare)
- Rapp, E. (författare)
- Sakalli, E. (författare)
- Sanda, M. (författare)
- Schulz, B. L. (författare)
- Scott, N. E. (författare)
- Sofronov, G. (författare)
- Stadlmann, J. (författare)
- Vakhrushev, S. Y. (författare)
- Woo, C. M. (författare)
- Wu, H. Y. (författare)
- Yang, P. Y. (författare)
- Ying, W. T. (författare)
- Zhang, H. (författare)
- Zhang, Y. (författare)
- Zhao, J. F. (författare)
- Zaia, J. (författare)
- Haslam, S. M. (författare)
- Palmisano, G. (författare)
- Yoo, J. S. (författare)
- Larson, Göran,1953Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine(Swepub:gu)xlarsg (författare)
- Khoo, K. H. (författare)
- Medzihradszky, K. F. (författare)
- Kolarich, D. (författare)
- Packer, N. H. (författare)
- Thaysen-Andersen, M. (författare)
- Göteborgs universitetInstitutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Nature Methods: Springer Science and Business Media LLC18, s. 1304-13161548-70911548-7105
Internetlänk
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Kawahara, R.
- Chernykh, A.
- Alagesan, K.
- Bern, M.
- Cao, W. Q.
- Chalkley, R. J.
- visa fler...
- Cheng, K.
- Choo, M. S.
- Edwards, N.
- Goldman, R.
- Hoffmann, M.
- Hu, Y. W.
- Huang, Y. F.
- Kim, J. Y.
- Kletter, D.
- Liquet, B.
- Liu, M. Q.
- Mechref, Y.
- Meng, B.
- Neelamegham, S.
- Nguyen-Khuong, T ...
- Nilsson, Jonas, ...
- Pap, A.
- Park, G. W.
- Parker, B. L.
- Pegg, C. L.
- Penninger, J. M.
- Phung, T. K.
- Pioch, M.
- Rapp, E.
- Sakalli, E.
- Sanda, M.
- Schulz, B. L.
- Scott, N. E.
- Sofronov, G.
- Stadlmann, J.
- Vakhrushev, S. Y ...
- Woo, C. M.
- Wu, H. Y.
- Yang, P. Y.
- Ying, W. T.
- Zhang, H.
- Zhang, Y.
- Zhao, J. F.
- Zaia, J.
- Haslam, S. M.
- Palmisano, G.
- Yoo, J. S.
- Larson, Göran, 1 ...
- Khoo, K. H.
- Medzihradszky, K ...
- Kolarich, D.
- Packer, N. H.
- Thaysen-Andersen ...
- visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Klinisk medicin
- Artiklar i publikationen
- Nature Methods
- Av lärosätet
- Göteborgs universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
