SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57"
 

Sökning: id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57" > Proteogenomics and ...

  • Yang, MinjunLund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups (författare)

Proteogenomics and Hi-C reveal transcriptional dysregulation in high hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-04-03
  • Springer Science and Business Media LLC,2019

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57
  • https://lup.lub.lu.se/record/23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57URI
  • https://doi.org/10.1038/s41467-019-09469-3DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:140634293URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • Hyperdiploidy, i.e. gain of whole chromosomes, is one of the most common genetic features of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL), but its pathogenetic impact is poorly understood. Here, we report a proteogenomic analysis on matched datasets from genomic profiling, RNA-sequencing, and mass spectrometry-based analysis of >8,000 genes and proteins as well as Hi-C of primary patient samples from hyperdiploid and ETV6/RUNX1-positive pediatric ALL. We show that CTCF and cohesin, which are master regulators of chromatin architecture, display low expression in hyperdiploid ALL. In line with this, a general genome-wide dysregulation of gene expression in relation to topologically associating domain (TAD) borders were seen in the hyperdiploid group. Furthermore, Hi-C of a limited number of hyperdiploid childhood ALL cases revealed that 2/4 cases displayed a clear loss of TAD boundary strength and 3/4 showed reduced insulation at TAD borders, with putative leukemogenic effects.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Vesterlund, MattiasKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Siavelis, IoannisKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Moura-Castro, Larissa H.Lund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)la3071di (författare)
  • Castor, AndersLund University,Lunds universitet,Pediatrik, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Paediatrics (Lund),Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)stam-aca (författare)
  • Fioretos, ThoasLund University,Lunds universitet,Translationella genomiska och funktionella studier av leukemi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Genomic and Functional Studies of Leukemia,Lund University Research Groups(Swepub:lu)kgen-tfi (författare)
  • Jafari, RozbehKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Lilljebjörn, HenrikLund University,Lunds universitet,Translationella genomiska och funktionella studier av leukemi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Genomic and Functional Studies of Leukemia,Lund University Research Groups(Swepub:lu)tmb-hli (författare)
  • Odom, Duncan T.German Cancer Research Centre,University of Cambridge (författare)
  • Olsson, LindaLund University,Lunds universitet,Genetiska och epigenetiska studier av barnleukemi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genetic and epigenetic studies of pediatric leukemia,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-ldo (författare)
  • Ravi, NaveenLund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-nvr (författare)
  • Woodward, Eleanor L.Lund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-ewd (författare)
  • Harewood, LouiseQueen's University Belfast,University of Cambridge (författare)
  • Lehtiö, JanneKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Paulsson, KajsaLund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)kgen-kpa (författare)
  • Aneuploidi i cancerForskargrupper vid Lunds universitet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Communications: Springer Science and Business Media LLC10:12041-1723

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy