Sökning: id:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57" >
Proteogenomics and ...
-
Yang, MinjunLund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups
(författare)
Proteogenomics and Hi-C reveal transcriptional dysregulation in high hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia
- Artikel/kapitelEngelska2019
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2019-04-03
-
Springer Science and Business Media LLC,2019
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57
-
https://lup.lub.lu.se/record/23488743-b6a5-438e-8d1f-7c71d3f89d57URI
-
https://doi.org/10.1038/s41467-019-09469-3DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:140634293URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Hyperdiploidy, i.e. gain of whole chromosomes, is one of the most common genetic features of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL), but its pathogenetic impact is poorly understood. Here, we report a proteogenomic analysis on matched datasets from genomic profiling, RNA-sequencing, and mass spectrometry-based analysis of >8,000 genes and proteins as well as Hi-C of primary patient samples from hyperdiploid and ETV6/RUNX1-positive pediatric ALL. We show that CTCF and cohesin, which are master regulators of chromatin architecture, display low expression in hyperdiploid ALL. In line with this, a general genome-wide dysregulation of gene expression in relation to topologically associating domain (TAD) borders were seen in the hyperdiploid group. Furthermore, Hi-C of a limited number of hyperdiploid childhood ALL cases revealed that 2/4 cases displayed a clear loss of TAD boundary strength and 3/4 showed reduced insulation at TAD borders, with putative leukemogenic effects.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Vesterlund, MattiasKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Siavelis, IoannisKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Moura-Castro, Larissa H.Lund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)la3071di
(författare)
-
Castor, AndersLund University,Lunds universitet,Pediatrik, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Paediatrics (Lund),Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)stam-aca
(författare)
-
Fioretos, ThoasLund University,Lunds universitet,Translationella genomiska och funktionella studier av leukemi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Genomic and Functional Studies of Leukemia,Lund University Research Groups(Swepub:lu)kgen-tfi
(författare)
-
Jafari, RozbehKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Lilljebjörn, HenrikLund University,Lunds universitet,Translationella genomiska och funktionella studier av leukemi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Genomic and Functional Studies of Leukemia,Lund University Research Groups(Swepub:lu)tmb-hli
(författare)
-
Odom, Duncan T.German Cancer Research Centre,University of Cambridge
(författare)
-
Olsson, LindaLund University,Lunds universitet,Genetiska och epigenetiska studier av barnleukemi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genetic and epigenetic studies of pediatric leukemia,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-ldo
(författare)
-
Ravi, NaveenLund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-nvr
(författare)
-
Woodward, Eleanor L.Lund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-ewd
(författare)
-
Harewood, LouiseQueen's University Belfast,University of Cambridge
(författare)
-
Lehtiö, JanneKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Paulsson, KajsaLund University,Lunds universitet,Aneuploidi i cancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Aneuploidy in cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)kgen-kpa
(författare)
-
Aneuploidi i cancerForskargrupper vid Lunds universitet
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Communications: Springer Science and Business Media LLC10:12041-1723
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Yang, Minjun
-
Vesterlund, Matt ...
-
Siavelis, Ioanni ...
-
Moura-Castro, La ...
-
Castor, Anders
-
Fioretos, Thoas
-
visa fler...
-
Jafari, Rozbeh
-
Lilljebjörn, Hen ...
-
Odom, Duncan T.
-
Olsson, Linda
-
Ravi, Naveen
-
Woodward, Eleano ...
-
Harewood, Louise
-
Lehtiö, Janne
-
Paulsson, Kajsa
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Pediatrik
- Artiklar i publikationen
-
Nature Communica ...
- Av lärosätet
-
Lunds universitet
-
Karolinska Institutet