SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Vangronsveld Jaco)
 

Sökning: WFRF:(Vangronsveld Jaco) > Comparative evaluat...

Comparative evaluation of four bacteria-specific primer pairs for 16S rRNA gene surveys

Thijs, Sofie (författare)
Hasselt University
De Beeck, Michiel Op (författare)
Lund University,Lunds universitet,MEMEG,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Department of Biology,Faculty of Science
Beckers, Bram (författare)
Hasselt University
visa fler...
Truyens, Sascha (författare)
Hasselt University
Stevens, Vincent (författare)
Hasselt University
Van Hamme, Jonathan D. (författare)
Thompson Rivers University
Weyens, Nele (författare)
Hasselt University
Vangronsveld, Jaco (författare)
Hasselt University
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2017-03-28
2017
Engelska.
Ingår i: Frontiers in Microbiology. - : Frontiers Media SA. - 1664-302X. ; 8:MAR
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Bacterial taxonomic community analyses using PCR-amplification of the 16S rRNA gene and high-throughput sequencing has become a cornerstone in microbiology research. To reliably detect the members, or operational taxonomic units (OTUs), that make up bacterial communities, taxonomic surveys rely on the use of the most informative PCR primers to amplify the broad range of phylotypes present in up-to-date reference databases. However, primers specific for the domain Bacteria were often developed some time ago against database versions that are now out of date. Here we evaluated the performance of four bacterial primers for characterizing complex microbial communities in explosives contaminated and non-contaminated forest soil and by in silico evaluation against the current SILVA123 database. Primer pair 341f/785r produced the highest number of bacterial OTUs, phylogenetic richness, Shannon diversity, low non-specificity and most reproducible results, followed by 967f/1391r and 799f/1193r. Primer pair 68f/518r showed overall low coverage and a bias toward Alphaproteobacteria. In silico, primer pair 341f/785r showed the highest coverage of the domain Bacteria (96.1%) with no obvious bias toward the majority of bacterial species. This suggests the high utility of primer pair 341f/785r for soil and plant-associated bacterial microbiome studies.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

16S rRNA gene sequence primers
Explosives contamination
Microbial communities
Pyrosequencing
Soil

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy