T-cell commitment inheritance—an agent-based multi-scale model

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:382a2c62-32b6-41c9-9577-d207e0c01f3c" > T-cell commitment i...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Andersson, EmilLund University,Lunds universitet,Centrum för miljö- och klimatvetenskap (CEC),Naturvetenskapliga fakulteten,Beräkningsvetenskap för hälsa och miljö,Forskargrupper vid Lunds universitet,Centre for Environmental and Climate Science (CEC),Faculty of Science,Computational Science for Health and Environment,Lund University Research Groups (författare)

T-cell commitment inheritance—an agent-based multi-scale model

Artikel/kapitelEngelska2024

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2024

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:382a2c62-32b6-41c9-9577-d207e0c01f3c
https://lup.lub.lu.se/record/382a2c62-32b6-41c9-9577-d207e0c01f3cURI
https://doi.org/10.1038/s41540-024-00368-yDOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

T-cell development provides an excellent model system for studying lineage commitment from a multipotent progenitor. The intrathymic development process has been thoroughly studied. The molecular circuitry controlling it has been dissected and the necessary steps like programmed shut off of progenitor genes and T-cell genes upregulation have been revealed. However, the exact timing between decision-making and commitment stage remains unexplored. To this end, we implemented an agent-based multi-scale model to investigate inheritance in early T-cell development. Treating each cell as an agent provides a powerful tool as it tracks each individual cell of a simulated T-cell colony, enabling the construction of lineage trees. Based on the lineage trees, we introduce the concept of the last common ancestors (LCA) of committed cells and analyse their relations, both at single-cell level and population level. In addition to simulating wild-type development, we also conduct knockdown analysis. Our simulations predicted that the commitment is a three-step process that occurs on average over several cell generations once a cell is first prepared by a transcriptional switch. This is followed by the loss of the Bcl11b-opposing function approximately two to three generations later. This is when our LCA analysis indicates that the decision to commit is taken even though in general another one to two generations elapse before the cell actually becomes committed by transitioning to the DN2b state. Our results showed that there is decision inheritance in the commitment mechanism.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Cellbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Cell Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
agent-based model
Multi-scale modeling
T-cell development

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Rothenberg, Ellen v.California Institute of Technology (författare)
Peterson, CarstenLund University,Lunds universitet,Centrum för miljö- och klimatvetenskap (CEC),Naturvetenskapliga fakulteten,Beräkningsvetenskap för hälsa och miljö,Forskargrupper vid Lunds universitet,Centre for Environmental and Climate Science (CEC),Faculty of Science,Computational Science for Health and Environment,Lund University Research Groups(Swepub:lu)thep-cpe (författare)
Olariu, VictorLund University,Lunds universitet,Centrum för miljö- och klimatvetenskap (CEC),Naturvetenskapliga fakulteten,Beräkningsvetenskap för hälsa och miljö,Forskargrupper vid Lunds universitet,Centre for Environmental and Climate Science (CEC),Faculty of Science,Computational Science for Health and Environment,Lund University Research Groups(Swepub:lu)vi6108ol (författare)
Centrum för miljö- och klimatvetenskap (CEC)Naturvetenskapliga fakulteten (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:npj Systems Biology and Applications10:12056-7189

Internetlänk

Hitta via bibliotek

npj Systems Biology and Applications (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Andersson, Emil; Rothenberg, Elle ...; Peterson, Carste ...; Olariu, Victor

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Cellbiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

Artiklar i publikationen: npj Systems Biol ...

Av lärosätet: Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se