Comparison of MM/GBSA calculations based on explicit and implicit solvent simulations.

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Genheden Samuel) > Comparison of MM/GB...

Godschalk, Frithjof (författare)

Comparison of MM/GBSA calculations based on explicit and implicit solvent simulations.

Artikel/kapitelEngelska2013

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Royal Society of Chemistry (RSC),2013
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:4c080019-196f-4460-9e79-d1122e86b6b3
https://lup.lub.lu.se/record/3733665URI
https://doi.org/10.1039/c3cp00116dDOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Molecular mechanics with generalised Born and surface area solvation (MM/GBSA) is a popular method to calculate the free energy of the binding of ligands to proteins. It involves molecular dynamics (MD) simulations with an explicit solvent of the protein-ligand complex to give a set of snapshots for which energies are calculated with an implicit solvent. This change in the solvation method (explicit → implicit) would strictly require that the energies are reweighted with the implicit-solvent energies, which is normally not done. In this paper we calculate MM/GBSA energies with two generalised Born models for snapshots generated by the same methods or by explicit-solvent simulations for five synthetic N-acetyllactosamine derivatives binding to galectin-3. We show that the resulting energies are very different both in absolute and relative terms, showing that the change in the solvent model is far from innocent and that standard MM/GBSA is not a consistent method. The ensembles generated with the various solvent models are quite different with root-mean-square deviations of 1.2-1.4 Å. The ensembles can be converted to each other by performing short MD simulations with the new method, but the convergence is slow, showing mean absolute differences in the calculated energies of 6-7 kJ mol(-1) after 2 ps simulations. Minimisations show even slower convergence and there are strong indications that the energies obtained from minimised structures are different from those obtained by MD.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Kemi Teoretisk kemi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Chemical Sciences Theoretical Chemistry hsv//eng

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Genheden, SamuelLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)teok-sgh (författare)
Söderhjelm, PärLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)teok-pso (författare)
Ryde, UlfLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)teok-ury (författare)
BeräkningskemiEnheten för fysikalisk och teoretisk kemi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Physical Chemistry Chemical Physics: Royal Society of Chemistry (RSC)15:20, s. 7731-77391463-90841463-9076

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Physical Chemistry Chemical Physics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Godschalk, Frith ...; Genheden, Samuel; Söderhjelm, Pär; Ryde, Ulf

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Kemi; och Teoretisk kemi

Artiklar i publikationen: Physical Chemist ...

Av lärosätet: Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se