QM/MM study of the reaction mechanism of sulfite oxidase

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:7e77d999-7309-45b6-adcd-7c2275fb93f5" > QM/MM study of the ...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Caldararu, OctavLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH (författare)

QM/MM study of the reaction mechanism of sulfite oxidase

Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2018-03-16
Springer Science and Business Media LLC,2018

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:7e77d999-7309-45b6-adcd-7c2275fb93f5
https://lup.lub.lu.se/record/7e77d999-7309-45b6-adcd-7c2275fb93f5URI
https://doi.org/10.1038/s41598-018-22751-6DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Sulfite oxidase is a mononuclear molybdenum enzyme that oxidises sulfite to sulfate in many organisms, including man. Three different reaction mechanisms have been suggested, based on experimental and computational studies. Here, we study all three with combined quantum mechanical (QM) and molecular mechanical (QM/MM) methods, including calculations with large basis sets, very large QM regions (803 atoms) and QM/MM free-energy perturbations. Our results show that the enzyme is set up to follow a mechanism in which the sulfur atom of the sulfite substrate reacts directly with the equatorial oxo ligand of the Mo ion, forming a Mo-bound sulfate product, which dissociates in the second step. The first step is rate limiting, with a barrier of 39-49 kJ/mol. The low barrier is obtained by an intricate hydrogen-bond network around the substrate, which is preserved during the reaction. This network favours the deprotonated substrate and disfavours the other two reaction mechanisms. We have studied the reaction with both an oxidised and a reduced form of the molybdopterin ligand and quantum-refinement calculations indicate that it is in the normal reduced tetrahydro form in this protein.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Kemi Fysikalisk kemi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Chemical Sciences Physical Chemistry hsv//eng

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Feldt, MilicaUniversity of Göttingen (författare)
Cioloboc, DanielaLund University (författare)
Van Severen, Marie CélineLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)teok-mvr (författare)
Starke, KerstinLund University,Lunds universitet,Kemisk fysik,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Chemical Physics,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)chem-kis (författare)
Mata, Ricardo A.University of Göttingen (författare)
Nordlander, EbbeLund University,Lunds universitet,Kemisk fysik,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Chemical Physics,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)ook1-eno (författare)
Ryde, UlfLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)teok-ury (författare)
BeräkningskemiEnheten för fysikalisk och teoretisk kemi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Scientific Reports: Springer Science and Business Media LLC8:12045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Scientific Reports (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Caldararu, Octav; Feldt, Milica; Cioloboc, Daniel ...; Van Severen, Mar ...; Starke, Kerstin; Mata, Ricardo A.; visa fler...; Nordlander, Ebbe; Ryde, Ulf; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Kemi; och Fysikalisk kemi

Artiklar i publikationen: Scientific Repor ...

Av lärosätet: Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se