SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Bagge Annika)
 

Sökning: WFRF:(Bagge Annika) > Discriminative pred...

Discriminative prediction of A-To-I RNA editing events from DNA sequence

Sun, Jiangming (författare)
Lund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups
De Marinis, Yang (författare)
Lund University,Lunds universitet,Translationell muskelforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Muscle Research,Lund University Research Groups
Osmark, Peter (författare)
Lund University,Lunds universitet,Translationell muskelforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Muscle Research,Lund University Research Groups
visa fler...
Singh, Pratibha (författare)
Lund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups
Bagge, Annika (författare)
Lund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups
Valtat, Berengere (författare)
Lund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups
Vikman, Petter (författare)
Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Translationell muskelforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Translational Muscle Research,Lund University Research Groups
Spégel, Peter (författare)
Lund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Centrum för analys och syntes,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups,Centre for Analysis and Synthesis,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH
Mulder, Hindrik (författare)
Lund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2016-10-20
2016
Engelska.
Ingår i: PLoS ONE. - : Public Library of Science (PLoS). - 1932-6203. ; 11:10
Relaterad länk:
http://dx.doi.org/10... (free)
visa fler...
https://journals.plo...
https://lup.lub.lu.s...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • RNA editing is a post-transcriptional alteration of RNA sequences that, via insertions, deletions or base substitutions, can affect protein structure as well as RNA and protein expression. Recently, it has been suggested that RNA editing may be more frequent than previously thought. A great impediment, however, to a deeper understanding of this process is the paramount sequencing effort that needs to be undertaken to identify RNA editing events. Here, we describe an in silico approach, based on machine learning, that ameliorates this problem. Using 41 nucleotide long DNA sequences, we show that novel A-to-I RNA editing events can be predicted from known A-to-I RNA editing events intra- and interspecies. The validity of the proposed method was verified in an independent experimental dataset. Using our approach, 203 202 putative A-to-I RNA editing events were predicted in the whole human genome. Out of these, 9% were previously reported. The remaining sites require further validation, e.g., by targeted deep sequencing. In conclusion, the approach described here is a useful tool to identify potential A-to-I RNA editing events without the requirement of extensive RNA sequencing.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy