SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Bagge Annika)
 

Sökning: WFRF:(Bagge Annika) > Discriminative pred...

  • Sun, JiangmingLund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups (författare)

Discriminative prediction of A-To-I RNA editing events from DNA sequence

  • Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2016-10-20
  • Public Library of Science (PLoS),2016

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:9ed78d74-f7d7-4746-b806-8b59150ecf8e
  • https://lup.lub.lu.se/record/9ed78d74-f7d7-4746-b806-8b59150ecf8eURI
  • https://doi.org/10.1371/journal.pone.0164962DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • RNA editing is a post-transcriptional alteration of RNA sequences that, via insertions, deletions or base substitutions, can affect protein structure as well as RNA and protein expression. Recently, it has been suggested that RNA editing may be more frequent than previously thought. A great impediment, however, to a deeper understanding of this process is the paramount sequencing effort that needs to be undertaken to identify RNA editing events. Here, we describe an in silico approach, based on machine learning, that ameliorates this problem. Using 41 nucleotide long DNA sequences, we show that novel A-to-I RNA editing events can be predicted from known A-to-I RNA editing events intra- and interspecies. The validity of the proposed method was verified in an independent experimental dataset. Using our approach, 203 202 putative A-to-I RNA editing events were predicted in the whole human genome. Out of these, 9% were previously reported. The remaining sites require further validation, e.g., by targeted deep sequencing. In conclusion, the approach described here is a useful tool to identify potential A-to-I RNA editing events without the requirement of extensive RNA sequencing.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • De Marinis, YangLund University,Lunds universitet,Translationell muskelforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Muscle Research,Lund University Research Groups(Swepub:lu)wbl-yzh (författare)
  • Osmark, PeterLund University,Lunds universitet,Translationell muskelforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Translational Muscle Research,Lund University Research Groups(Swepub:lu)medk-pos (författare)
  • Singh, PratibhaLund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-psg (författare)
  • Bagge, AnnikaLund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-aib (författare)
  • Valtat, BerengereLund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-bgv (författare)
  • Vikman, PetterLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Translationell muskelforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Translational Muscle Research,Lund University Research Groups(Swepub:lu)wbl-pwi (författare)
  • Spégel, PeterLund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Centrum för analys och syntes,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups,Centre for Analysis and Synthesis,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)tekn-psp (författare)
  • Mulder, HindrikLund University,Lunds universitet,Diabetes - molekylär metabolism,Forskargrupper vid Lunds universitet,Diabetes - Molecular Metabolism,Lund University Research Groups(Swepub:lu)medk-hmu (författare)
  • Diabetes - molekylär metabolismForskargrupper vid Lunds universitet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:PLoS ONE: Public Library of Science (PLoS)11:101932-6203

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy