Exploring ligand dynamics in protein crystal structures with ensemble refinement

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Ryde Ulf) > Exploring ligand dy...

Caldararu, OctavLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH (författare)

Exploring ligand dynamics in protein crystal structures with ensemble refinement

Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2021
17 s.

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:b095bc87-0886-4428-bef5-78959e9932b2
https://lup.lub.lu.se/record/b095bc87-0886-4428-bef5-78959e9932b2URI
https://doi.org/10.1107/S2059798321006513DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Understanding the dynamics of ligands bound to proteins is an important task in medicinal chemistry and drug design. However, the dominant technique for determining protein-ligand structures, X-ray crystallography, does not fully account for dynamics and cannot accurately describe the movements of ligands in protein binding sites. In this article, an alternative method, ensemble refinement, is used on six protein-ligand complexes with the aim of understanding the conformational diversity of ligands in protein crystal structures. The results show that ensemble refinement sometimes indicates that the flexibility of parts of the ligand and some protein side chains is larger than that which can be described by a single conformation and atomic displacement parameters. However, since the electron-density maps are comparable and R free values are slightly increased, the original crystal structure is still a better model from a statistical point of view. On the other hand, it is shown that molecular-dynamics simulations and automatic generation of alternative conformations in crystallographic refinement confirm that the flexibility of these groups is larger than is observed in standard refinement. Moreover, the flexible groups in ensemble refinement coincide with groups that give high atomic displacement parameters or non-unity occupancy if optimized in standard refinement. Therefore, the conformational diversity indicated by ensemble refinement seems to be qualitatively correct, indicating that ensemble refinement can be an important complement to standard crystallographic refinement as a tool to discover which parts of crystal structures may show extensive flexibility and therefore are poorly described by a single conformation. However, the diversity of the ensembles is often exaggerated (probably partly owing to the rather poor force field employed) and the ensembles should not be trusted in detail.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Kemi Teoretisk kemi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Chemical Sciences Theoretical Chemistry hsv//eng
Ensemble refinement
Ligand dynamics
Molecular-dynamics simulations
qFit-ligand
X-ray crystal structures

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Ekberg, VilhelmLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)vi3586ek (författare)
Logan, Derek T.Lund University,Lunds universitet,Biokemi och Strukturbiologi,Centrum för Molekylär Proteinvetenskap,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Biochemistry and Structural Biology,Center for Molecular Protein Science,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)mbfys-do (författare)
Oksanen, EskoEuropean Spallation Source ESS ERIC(Swepub:lu)esss-eoe (författare)
Ryde, UlfLund University,Lunds universitet,Beräkningskemi,Enheten för fysikalisk och teoretisk kemi,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Computational Chemistry,Physical and theoretical chemistry,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)teok-ury (författare)
BeräkningskemiEnheten för fysikalisk och teoretisk kemi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Acta Crystallographica Section D: Structural Biology77, s. 1099-11152059-7983

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Acta Crystallographica Section D: Structural Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Caldararu, Octav; Ekberg, Vilhelm; Logan, Derek T.; Oksanen, Esko; Ryde, Ulf

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Kemi; och Teoretisk kemi

Artiklar i publikationen: Acta Crystallogr ...

Av lärosätet: Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se