WFRF:(Chattopadhyay Subhayan)
Sökning: WFRF:(Chattopadhyay Subhayan) > (2021) > Tracing the evoluti...
Tracing the evolution of aneuploid cancers by multiregional sequencing with CRUST
-
- Chattopadhyay, Subhayan (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Cancercellers evolution,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Pathways of cancer cell evolution,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
-
- Karlsson, Jenny (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Cancercellers evolution,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Pathways of cancer cell evolution,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
-
- Valind, Anders (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2021-08-03
- 2021
- Engelska.
- Ingår i: Briefings in Bioinformatics. - : Oxford University Press (OUP). - 1477-4054 .- 1467-5463. ; 22:6
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Clonal deconvolution of mutational landscapes is crucial to understand the evolutionary dynamics of cancer. Two limiting factors for clonal deconvolution that have remained unresolved are variation in purity and chromosomal copy number across different samples of the same tumor. We developed a semi-supervised algorithm that tracks variant calls through multi-sample spatiotemporal tumor data. While normalizing allele frequencies based on purity, it also adjusts for copy number changes at clonal deconvolution. Absent à priori copy number data, it renders in silico copy number estimations from bulk sequences. Using published and simulated tumor sequences, we reliably segregated clonal/subclonal variants even at a low sequencing depth (~50×). Given at least one pure tumor sample (>70% purity), we could normalize and deconvolve paired samples down to a purity of 40%. This renders a reliable clonal reconstruction well adapted to multi-regionally sampled solid tumors, which are often aneuploid and contaminated by non-cancer cells.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- Briefings in Bioinformatics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Chattopadhyay, S ...
- Karlsson, Jenny
- Valind, Anders
- Andersson, Natal ...
- Gisselsson, Davi ...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Klinisk medicin
- och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
- Briefings in Bio ...
- Av lärosätet
- Lunds universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
