A gene expression-based single sample predictor of lung adenocarcinoma molecular subtype and prognosis

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Liljedahl Maria) > A gene expression-b...

A gene expression-based single sample predictor of lung adenocarcinoma molecular subtype and prognosis

Liljedahl, Helena (författare): Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Melanoma Genomics,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

Karlsson, Anna (författare): Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

Oskarsdottir, Gudrun N. (författare): Linköpings universitet,Avdelning för neurobiologi,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Klinisk patologi,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.;Skane Univ Hosp, Dept Resp Med & Allergol, Lund, Sweden.

visa fler...

Salomonsson, Annette (författare): Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

Brunnström, Hans (författare): Lund University,Lunds universitet,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Region Skåne,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.;Lab Med Reg Skane, Dept Pathol, Lund, Sweden.

Erlingsdottir, Gigja (författare): Skåne University Hospital,National University Hospital of Iceland,Landspitali Univ Hosp, Dept Pathol, Reykjavik, Iceland.;Skane Univ Hosp, Dept Pathol, Dept Lab Med, Malmö, Sweden.

Jönsson, Mats (författare): Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

Isaksson, Sofi (författare): Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

Arbajian, Elsa (författare): Lund University,Lunds universitet,Genetiska avvikelser i mjukdelstumörer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,The genetics of soft tissue tumors,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

Ortiz-Villalón, Cristian (författare): Karolinska Institutet,Karolinska Univ Hosp, Dept Pathol, Stockholm, Sweden.

Hussein, Aziz (författare): Sahlgrenska University Hospital,Sahlgrens Univ Hosp, Dept Pathol & Cytol, Gothenburg, Sweden.

Bergman, Bengt (författare): Sahlgrenska University Hospital,Sahlgrens Univ Hosp, Dept Resp Med, Gothenburg, Sweden.

Vikström, Anders (författare): Linköping University Hospital,Region Östergötland, Lungmedicinska kliniken US,Univ Hosp Linköping, Dept Pulm Med, Linköping, Sweden.

Monsef, Nastaran (författare): Linköping University,Linköping Univ, Dept Pathol, Linköping, Sweden.;Linköping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linköping, Sweden.

Branden, Eva (författare): Uppsala University,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital,Karolinska Inst, Dept Med Solna, Resp Med Unit, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, CMM, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp Solna, Stockholm, Sweden.;Uppsala Univ Reg Gävleborg, Ctr Res & Dev, Gävle, Sweden.

Koyi, Hirsh (författare): Uppsala universitet,Karolinska Institutet,Uppsala University,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital,Karolinska Inst, Sweden; Karolinska Univ Hosp Solna, Sweden; Uppsala Univ Reg Gavleborg, Sweden,Centrum för klinisk forskning, Gävleborg,Karolinska Inst, Dept Med Solna, Resp Med Unit, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, CMM, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp Solna, Stockholm, Sweden.

de Petris, Luigi (författare): Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital,Karolinska Univ Hosp, Thorac Oncol Unit, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Oncol Pathol, Stockholm, Sweden.

Patthey, Annika (författare): Umeå universitet,Umeå University,Patologi,Umeå Univ, Dept Med Biosci, Pathol, Umeå, Sweden.

Behndig, Annelie F., 1963- (författare): Umeå universitet,Umeå University,Avdelningen för medicin,Umeå Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Div Med, Umeå, Sweden.

Johansson, Mikael (författare): Umeå universitet,Umeå University,Onkologi,Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Oncol, Umeå, Sweden.

Planck, Maria (författare): Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Skåne University Hospital,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.;Skane Univ Hosp, Dept Resp Med & Allergol, Lund, Sweden.

Staaf, Johan (författare): Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol & Pathol, SE-22381 Lund, Sweden.

visa färre...

(creator_code:org_t)

2020-08-12
2021
Engelska 14 s.
Ingår i: International Journal of Cancer. - : Wiley. - 0020-7136 .- 1097-0215. ; 148:1, s. 238-251

Relaterad länk:: http://dx.doi.org/10... (free); visa fler...; https://onlinelibrar...; https://doi.org/10.1...; https://umu.diva-por... (primary) (Raw object); https://liu.diva-por... (primary) (Raw object); https://uu.diva-port... (primary) (Raw object); https://lup.lub.lu.s...; https://doi.org/10.1...; https://urn.kb.se/re...; http://kipublication...; https://urn.kb.se/re...; https://urn.kb.se/re...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Disease recurrence in surgically treated lung adenocarcinoma (AC) remains high. New approaches for risk stratification beyond tumor stage are needed. Gene expression-based AC subtypes such as the Cancer Genome Atlas Network (TCGA) terminal-respiratory unit (TRU), proximal-inflammatory (PI) and proximal-proliferative (PP) subtypes have been associated with prognosis, but show methodological limitations for robust clinical use. We aimed to derive a platform independent single sample predictor (SSP) for molecular subtype assignment and risk stratification that could function in a clinical setting. Two-class (TRU/nonTRU=SSP2) and three-class (TRU/PP/PI=SSP3) SSPs using the AIMS algorithm were trained in 1655 ACs (n = 9659 genes) from public repositories vs TCGA centroid subtypes. Validation and survival analysis were performed in 977 patients using overall survival (OS) and distant metastasis-free survival (DMFS) as endpoints. In the validation cohort, SSP2 and SSP3 showed accuracies of 0.85 and 0.81, respectively. SSPs captured relevant biology previously associated with the TCGA subtypes and were associated with prognosis. In survival analysis, OS and DMFS for cases discordantly classified between TCGA and SSP2 favored the SSP2 classification. In resected Stage I patients, SSP2 identified TRU-cases with better OS (hazard ratio [HR] = 0.30; 95% confidence interval [CI] = 0.18-0.49) and DMFS (TRU HR = 0.52; 95% CI = 0.33-0.83) independent of age, Stage IA/IB and gender. SSP2 was transformed into a NanoString nCounter assay and tested in 44 Stage I patients using RNA from formalin-fixed tissue, providing prognostic stratification (relapse-free interval, HR = 3.2; 95% CI = 1.2-8.8). In conclusion, gene expression-based SSPs can provide molecular subtype and independent prognostic information in early-stage lung ACs. SSPs may overcome critical limitations in the applicability of gene signatures in lung cancer.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Lungmedicin och allergi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Respiratory Medicine and Allergy (hsv//eng)

Nyckelord

gene expression
lung adenocarcinoma
molecular subtypes
prognosis
single sample predictor
gene expression

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

International Journal of Cancer (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Lungmedicin och ...

Artiklar i publikationen: International Jo ...

Av lärosätet: Lunds universitet; Umeå universitet; Karolinska Institutet; Linköpings universitet; Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se