Genomic and transcriptional alterations in lung adenocarcinoma in relation to smoking history.

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Botling Johan) > (2010-2014) > Genomic and transcr...

Karlsson, Anna KLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine (författare)

Genomic and transcriptional alterations in lung adenocarcinoma in relation to smoking history.

Artikel/kapitelEngelska2014

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2014

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:ca9b17d0-303b-45af-b1e3-cdac766f4214
https://lup.lub.lu.se/record/4581946URI
https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-14-0246DOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-235328URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Purpose Cigarette smoking is the major pathogenic factor for lung cancer. The precise mechanisms of tobacco-related carcinogenesis, and its effect on the genomic and transcriptional landscape in lung cancer are not fully understood. Experimental Design 1398 (277 never-smokers, 1121 smokers) genomic and 1449 (370 never-smokers, 1079 smokers) transcriptional profiles were assembled from public lung adenocarcinoma cohorts, including matched next-generation DNA-sequencing data (n=423). Unsupervised and supervised methods were used to identify smoking-related copy number alterations (CNAs), predictors of smoking status, and molecular subgroups. Results Genomic meta-analyses showed that never-smokers and smokers harbored a similar frequency of total CNAs, although, specific regions (5q, 8q, 16p, 19p, and 22q) displayed a 20-30% frequency difference between the two groups. Importantly, supervised classification analyses based on CNAs or gene expression could not accurately predict smoking status (balanced accuracies ~60-80%). However, unsupervised multicohort transcriptional profiling stratified adenocarcinomas into distinct molecular subgroups with specific patterns of CNAs, oncogenic mutations, and mutation transversion frequencies that were independent of the smoking status. One subgroup included ~55-90% of never-smokers and ~20-40% of smokers (both current and former) with molecular and clinical features of a less aggressive and smoking-unrelated disease. Given the considerable intra-group heterogeneity in smoking-defined subgroups, especially among former-smokers, our results emphasize the clinical importance of accurate molecular characterization of lung adenocarcinoma. Conclusions The landscape of smoking-related CNAs and transcriptional alterations in adenocarcinomas is complex, heterogeneous, and with moderate differences. Our results support a molecularly distinct less aggressive adenocarcinoma entity, arising in never-smokers and a subset of smokers.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Ringnér, MarkusLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)thep-mri (författare)
Lauss, MartinLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-mlu (författare)
Botling, JohanUppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi(Swepub:uu)johanbot (författare)
Micke, PatrickUppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi(Swepub:uu)patmi676 (författare)
Planck, MariaLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-mpl (författare)
Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jst (författare)
Bröstcancer-genetikSektion I (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Clinical Cancer Research20:18, s. 4912-49241078-04321557-3265

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Clinical Cancer Research (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Karlsson, Anna K; Ringnér, Markus; Lauss, Martin; Botling, Johan; Micke, Patrick; Planck, Maria; visa fler...; Staaf, Johan; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Artiklar i publikationen: Clinical Cancer ...

Av lärosätet: Lunds universitet; Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se