Multiple displacement amplification of DNA from human colon and rectum biopsies: Bacterial profiling and identification of Helicobacter pylori-DNA by means of 16S rDNA-based TTGE and pyrosequencing analysis

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: L773:1872 8359 > Multiple displaceme...

Monstein, Hans-Jurg,1946-Östergötlands Läns Landsting,Linköpings universitet,Hälsouniversitetet,Avdelningen för medicinsk cellbiologi,Molekylärbiologiska tekniklaboratoriet (författare)

Multiple displacement amplification of DNA from human colon and rectum biopsies: Bacterial profiling and identification of Helicobacter pylori-DNA by means of 16S rDNA-based TTGE and pyrosequencing analysis

Artikel/kapitelEngelska2005

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Elsevier BV,2005

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:da28ae95-8167-460e-acb0-db4e0458426e
https://lup.lub.lu.se/record/152821URI
https://doi.org/10.1016/j.mimet.2005.03.012DOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-31483URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Amplifying bacterial DNA by PCR from human biopsy specimens has sometimes proved to be difficult, mainly due to the low amount of bacterial DNA present. Therefore, nested or semi-nested 16S rDNA PCR amplification has been the method of choice. In this study, we evaluate the potential use of whole genome amplification of total DNA isolated from human colon and rectum biopsy specimens, followed by 16S rDNA PCR amplification of multiple displacement amplified (MDA)-DNA. Subsequently, a H. pylori-specific 16S rDNA variable V3 region PCR assay was applied directly on MDA-DNA and, combined with pyrosequencing analysis; the presence of H. pylori in some biopsies from colon in patients with microscopic colitis was confirmed. Furthermore, temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE) of 16S rDNA amplicons using primers flanking variable regions V3, V4, and V9, was used to establish bacterial profiles from individual biopsies. A variation of the bacterial profiles in the colonic mucosa in microscopic colitis and in normal rectal mucosa was observed. In conclusion we find the MDA technique to be a useful method to overcome the problem of insufficient bacterial DNA in human biopsy specimens. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Kirurgi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Surgery hsv//eng
Bacterial 16S rDNA
Bacterial profiling
Colorectal biopsy
Helicobacter spp.
Multiple displacement amplification
Pyrosequencing
TTGE
MEDICINE

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Olsson, CristerLund University,Lunds universitet,Livsmedelsteknik,Avdelningen för livsmedel och läkemedel,Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Department of Food Technology, Engineering and Nutrition,Division of Food and Pharma,Department of Process and Life Science Engineering,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)cr8370ol (författare)
Nilsson, Isabelle,1971-Linköpings universitet,Institutionen för medicin och vård,Hälsouniversitetet(Swepub:liu)isani02 (författare)
Grahn, Niclas,1976-Linköpings universitet,Hälsouniversitetet,Avdelningen för medicinsk cellbiologi(Swepub:liu)nicgr62 (författare)
Benoni, CeciliaLund University,Lunds universitet,Gastroenterologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Enheten för kroniska inflammatoriska och degenerativa sjukdomar,Gastroenterology,Lund University Research Groups,Chronic Inflammatory and Degenerative Diseases Research Unit(Swepub:lu)medf-cbe (författare)
Ahrné, SivLund University,Lunds universitet,Livsmedelsteknik,Avdelningen för livsmedel och läkemedel,Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Department of Food Technology, Engineering and Nutrition,Division of Food and Pharma,Department of Process and Life Science Engineering,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)livt-sah (författare)
Linköpings universitetHälsouniversitetet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Microbiological Methods: Elsevier BV63:3, s. 239-2471872-83590167-7012

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Microbiological Methods (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Monstein, Hans-J ...; Olsson, Crister; Nilsson, Isabell ...; Grahn, Niclas, 1 ...; Benoni, Cecilia; Ahrné, Siv

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Kirurgi

Artiklar i publikationen: Journal of Micro ...

Av lärosätet: Lunds universitet; Linköpings universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se