Sökning: WFRF:(Siebert Reiner) >
Genomic basis for R...
Genomic basis for RNA alterations in cancer
-
- Calabrese, Claudia (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- Davidson, Natalie R (författare)
- ETH Zürich
-
- Demircioğlu, Deniz (författare)
- National University of Singapore
-
visa fler...
-
- Fonseca, Nuno A (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- He, Yao (författare)
- Peking University
-
- Kahles, André (författare)
- ETH Zürich
-
- Lehmann, Kjong-Van (författare)
- ETH Zürich
-
- Liu, Fenglin (författare)
- Peking University
-
- Shiraishi, Yuichi (författare)
- University of Tokyo
-
- Soulette, Cameron M (författare)
- University of California, Santa Cruz
-
- Urban, Lara (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- Greger, Liliana (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- Li, Siliang (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Liu, Dongbing (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Perry, Marc D (författare)
- Ontario Institute for Cancer Research
-
- Xiang, Qian (författare)
- Ontario Institute for Cancer Research
-
- Zhang, Fan (författare)
- Peking University
-
- Zhang, Junjun (författare)
- Ontario Institute for Cancer Research
-
- Bailey, Peter (författare)
- University of Glasgow
-
- Erkek, Serap (författare)
- European Molecular Biology Laboratory Heidelberg
-
- Hoadley, Katherine A (författare)
- University of North Carolina
-
- Hou, Yong (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Huska, Matthew R (författare)
- Berlin Institute for Medical Systems Biology
-
- Kilpinen, Helena (författare)
- University College London
-
- Korbel, Jan O (författare)
- European Molecular Biology Laboratory Heidelberg
-
- Marin, Maximillian G (författare)
- University of California, Santa Cruz
-
- Markowski, Julia (författare)
- Berlin Institute for Medical Systems Biology
-
- Nandi, Tannistha (författare)
- A*Star, Genome Institute of Singapore (GIS)
-
- Pan-Hammarström, Qiang (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Pedamallu, Chandra Sekhar (författare)
- Broad Institute
-
- Siebert, Reiner (författare)
- University of Ulm,University Hospital of Ulm
-
- Stark, Stefan G (författare)
- ETH Zürich
-
- Su, Hong (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Tan, Patrick (författare)
- A*Star, Genome Institute of Singapore (GIS)
-
- Waszak, Sebastian M (författare)
- European Molecular Biology Laboratory Heidelberg
-
- Yung, Christina (författare)
- Ontario Institute for Cancer Research
-
- Zhu, Shida (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Awadalla, Philip (författare)
- Ontario Institute for Cancer Research
-
- Creighton, Chad J (författare)
- Baylor College of Medicine
-
- Meyerson, Matthew (författare)
- Broad Institute
-
- Ouellette, B F Francis (författare)
- University of Toronto
-
- Wu, Kui (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Yang, Huanming (författare)
- Beijing Genomics Institute
-
- Brazma, Alvis (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- Brooks, Angela N (författare)
- University of California, Santa Cruz
-
- Göke, Jonathan (författare)
- A*Star, Genome Institute of Singapore (GIS)
-
- Rätsch, Gunnar (författare)
- ETH Zürich
-
- Schwarz, Roland F (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- Stegle, Oliver (författare)
- European Bioinformatics Institute
-
- Zhang, Zemin (författare)
- Peking University
-
- Borg, Åke (creator_code:cre_t)
- Lund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
-
- Ringnér, Markus (creator_code:cre_t)
- Lund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science
-
- Staaf, Johan (creator_code:cre_t)
- Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
-
visa fler...
-
-
visa färre...
- 2020-02-05
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 578:7793, s. 129-136
- Relaterad länk:
-
http://dx.doi.org/10... (free)
-
visa fler...
-
https://www.nature.c...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Transcript alterations often result from somatic changes in cancer genomes1. Various forms of RNA alterations have been described in cancer, including overexpression2, altered splicing3 and gene fusions4; however, it is difficult to attribute these to underlying genomic changes owing to heterogeneity among patients and tumour types, and the relatively small cohorts of patients for whom samples have been analysed by both transcriptome and whole-genome sequencing. Here we present, to our knowledge, the most comprehensive catalogue of cancer-associated gene alterations to date, obtained by characterizing tumour transcriptomes from 1,188 donors of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA)5. Using matched whole-genome sequencing data, we associated several categories of RNA alterations with germline and somatic DNA alterations, and identified probable genetic mechanisms. Somatic copy-number alterations were the major drivers of variations in total gene and allele-specific expression. We identified 649 associations of somatic single-nucleotide variants with gene expression in cis, of which 68.4% involved associations with flanking non-coding regions of the gene. We found 1,900 splicing alterations associated with somatic mutations, including the formation of exons within introns in proximity to Alu elements. In addition, 82% of gene fusions were associated with structural variants, including 75 of a new class, termed 'bridged' fusions, in which a third genomic location bridges two genes. We observed transcriptomic alteration signatures that differ between cancer types and have associations with variations in DNA mutational signatures. This compendium of RNA alterations in the genomic context provides a rich resource for identifying genes and mechanisms that are functionally implicated in cancer.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- DNA Copy Number Variations
- DNA, Neoplasm
- Gene Expression Regulation, Neoplastic
- Genome, Human
- Genomics
- Humans
- Neoplasms/genetics
- RNA/genetics
- Transcriptome
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Nature
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Calabrese, Claud ...
-
Davidson, Natali ...
-
Demircioğlu, Den ...
-
Fonseca, Nuno A
-
He, Yao
-
Kahles, André
-
visa fler...
-
Lehmann, Kjong-V ...
-
Liu, Fenglin
-
Shiraishi, Yuich ...
-
Soulette, Camero ...
-
Urban, Lara
-
Greger, Liliana
-
Li, Siliang
-
Liu, Dongbing
-
Perry, Marc D
-
Xiang, Qian
-
Zhang, Fan
-
Zhang, Junjun
-
Bailey, Peter
-
Erkek, Serap
-
Hoadley, Katheri ...
-
Hou, Yong
-
Huska, Matthew R
-
Kilpinen, Helena
-
Korbel, Jan O
-
Marin, Maximilli ...
-
Markowski, Julia
-
Nandi, Tannistha
-
Pan-Hammarström, ...
-
Pedamallu, Chand ...
-
Siebert, Reiner
-
Stark, Stefan G
-
Su, Hong
-
Tan, Patrick
-
Waszak, Sebastia ...
-
Yung, Christina
-
Zhu, Shida
-
Awadalla, Philip
-
Creighton, Chad ...
-
Meyerson, Matthe ...
-
Ouellette, B F F ...
-
Wu, Kui
-
Yang, Huanming
-
Brazma, Alvis
-
Brooks, Angela N
-
Göke, Jonathan
-
Rätsch, Gunnar
-
Schwarz, Roland ...
-
Stegle, Oliver
-
Zhang, Zemin
-
Borg, Åke
-
Ringnér, Markus
-
Staaf, Johan
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature
- Av lärosätet
-
Lunds universitet
-
Karolinska Institutet