SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:127938221"
 

Sökning: id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:127938221" > Integrative genomic...

  • Nemes, Szilard,1977Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology (författare)

Integrative genomics with mediation analysis in a survival context

  • Artikel/kapitelEngelska2013

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Hindawi Limited,2013

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:127938221
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:127938221URI
  • https://doi.org/10.1155/2013/413783DOI
  • https://gup.ub.gu.se/publication/193321URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • DNA copy number aberrations (DCNA) and subsequent altered gene expression profiles may have a major impact on tumor initiation, on development, and eventually on recurrence and cancer-specific mortality. However, most methods employed in integrative genomic analysis of the two biological levels, DNA and RNA, do not consider survival time. In the present note, we propose the adoption of a survival analysis-based framework for the integrative analysis of DCNA and mRNA levels to reveal their implication on patient clinical outcome with the prerequisite that the effect of DCNA on survival is mediated by mRNA levels. The specific aim of the paper is to offer a feasible framework to test the DCNA-mRNA-survival pathway. We provide statistical inference algorithms for mediation based on asymptotic results. Furthermore, we illustrate the applicability of the method in an integrative genomic analysis setting by using a breast cancer data set consisting of 141 invasive breast tumors. In addition, we provide implementation in R.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Parris, Toshima Z,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xparto (författare)
  • Danielsson, Anna,1973Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xdanne (författare)
  • Einbeigi, Zakaria,1962Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xeinza (författare)
  • Steineck, Gunnar,1952Gothenburg University,Göteborgs universitet,Karolinska Institutet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xstegu (författare)
  • Miao Jonasson, Junmei,1972Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xmiaoj (författare)
  • Helou, Khalil,1966Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xhelkh (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Computational and mathematical methods in medicine: Hindawi Limited2013, s. 413783-1748-67181748-670X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy