SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:132504592"
 

Sökning: id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:132504592" > CAGE profiling of n...

  • Hashimoto, K (författare)

CAGE profiling of ncRNAs in hepatocellular carcinoma reveals widespread activation of retroviral LTR promoters in virus-induced tumors

  • Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2015-10-28
  • Cold Spring Harbor Laboratory,2015

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:132504592
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:132504592URI
  • https://doi.org/10.1101/gr.191031.115DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • gratis
  • An increasing number of noncoding RNAs (ncRNAs) have been implicated in various human diseases including cancer; however, the ncRNA transcriptome of hepatocellular carcinoma (HCC) is largely unexplored. We used CAGE to map transcription start sites across various types of human and mouse HCCs with emphasis on ncRNAs distant from protein-coding genes. Here, we report that retroviral LTR promoters, expressed in healthy tissues such as testis and placenta but not liver, are widely activated in liver tumors. Despite HCC heterogeneity, a subset of LTR-derived ncRNAs were more than 10-fold up-regulated in the vast majority of samples. HCCs with a high LTR activity mostly had a viral etiology, were less differentiated, and showed higher risk of recurrence. ChIP-seq data show that MYC and MAX are associated with ncRNA deregulation. Globally, CAGE enabled us to build a mammalian promoter map for HCC, which uncovers a new layer of complexity in HCC genomics.

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Suzuki, AM (författare)
  • Dos Santos, A (författare)
  • Desterke, C (författare)
  • Collino, A (författare)
  • Ghisletti, S (författare)
  • Braun, E (författare)
  • Bonetti, AKarolinska Institutet (författare)
  • Fort, A (författare)
  • Qin, XY (författare)
  • Radaelli, E (författare)
  • Kaczkowski, B (författare)
  • Forrest, ARR (författare)
  • Kojima, S (författare)
  • Samue, D (författare)
  • Natoli, G (författare)
  • Buendia, MA (författare)
  • Faivre, J (författare)
  • Carninci, P (författare)
  • Karolinska Institutet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genome research: Cold Spring Harbor Laboratory25:12, s. 1812-18241549-54691088-9051

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy