FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: id:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:136487070" > FANTOM5 CAGE profil...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Noguchi, S (författare)

FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples

Artikel/kapitelEngelska2017

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2017-08-29
Springer Science and Business Media LLC,2017

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:136487070
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:136487070URI
https://doi.org/10.1038/sdata.2017.112DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

In the FANTOM5 project, transcription initiation events across the human and mouse genomes were mapped at a single base-pair resolution and their frequencies were monitored by CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) coupled with single-molecule sequencing. Approximately three thousands of samples, consisting of a variety of primary cells, tissues, cell lines, and time series samples during cell activation and development, were subjected to a uniform pipeline of CAGE data production. The analysis pipeline started by measuring RNA extracts to assess their quality, and continued to CAGE library production by using a robotic or a manual workflow, single molecule sequencing, and computational processing to generate frequencies of transcription initiation. Resulting data represents the consequence of transcriptional regulation in each analyzed state of mammalian cells. Non-overlapping peaks over the CAGE profiles, approximately 200,000 and 150,000 peaks for the human and mouse genomes, were identified and annotated to provide precise location of known promoters as well as novel ones, and to quantify their activities.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Arakawa, T (författare)
Fukuda, S (författare)
Furuno, M (författare)
Hasegawa, A (författare)
Hori, F (författare)
Ishikawa-Kato, S (författare)
Kaida, K (författare)
Kaiho, A (författare)
Kanamori-Katayama, M (författare)
Kawashima, T (författare)
Kojima, M (författare)
Kubosaki, A (författare)
Manabe, RI (författare)
Murata, M (författare)
Nagao-Sato, S (författare)
Nakazato, K (författare)
Ninomiya, N (författare)
Nishiyori-Sueki, H (författare)
Noma, S (författare)
Saijyo, E (författare)
Saka, A (författare)
Sakai, M (författare)
Simon, C (författare)
Suzuki, N (författare)
Tagami, M (författare)
Watanabe, S (författare)
Yoshida, S (författare)
Arner, PKarolinska Institutet (författare)
Axton, RA (författare)
Babina, M (författare)
Baillie, JK (författare)
Barnett, TC (författare)
Beckhouse, AG (författare)
Blumenthal, A (författare)
Bodega, B (författare)
Bonetti, A (författare)
Briggs, J (författare)
Brombacher, F (författare)
Carlisle, AJ (författare)
Clevers, HC (författare)
Davis, CA (författare)
Detmar, M (författare)
Dohi, T (författare)
Edge, ASB (författare)
Edinger, M (författare)
Ehrlund, A (författare)
Ekwall, KKarolinska Institutet (författare)
Endoh, M (författare)
Enomoto, H (författare)
Eslami, A (författare)
Fagiolini, M (författare)
Fairbairn, L (författare)
Farach-Carson, MC (författare)
Faulkner, GJ (författare)
Ferrai, C (författare)
Fisher, ME (författare)
Forrester, LM (författare)
Fujita, R (författare)
Furusawa, J (författare)
Geijtenbeek, TB (författare)
Gingeras, T (författare)
Goldowitz, D (författare)
Guhl, S (författare)
Guler, R (författare)
Gustincich, S (författare)
Ha, TJ (författare)
Hamaguchi, M (författare)
Hara, M (författare)
Hasegawa, Y (författare)
Herlyn, M (författare)
Heutink, P (författare)
Hitchens, KJ (författare)
Hume, DA (författare)
Ikawa, T (författare)
Ishizu, Y (författare)
Kai, C (författare)
Kawamoto, H (författare)
Kawamura, YI (författare)
Kempfle, JS (författare)
Kenna, TJ (författare)
Kere, JKarolinska Institutet (författare)
Khachigian, LM (författare)
Kitamura, T (författare)
Klein, S (författare)
Klinken, SP (författare)
Knox, AJ (författare)
Kojima, S (författare)
Koseki, H (författare)
Koyasu, S (författare)
Lee, W (författare)
Lennartsson, AKarolinska Institutet (författare)
Mackay-sim, A (författare)
Mejhert, NKarolinska Institutet (författare)
Mizuno, Y (författare)
Morikawa, H (författare)
Morimoto, M (författare)
Moro, K (författare)
Morris, KJ (författare)
Motohashi, H (författare)
Mummery, CL (författare)
Nakachi, Y (författare)
Nakahara, F (författare)
Nakamura, T (författare)
Nakamura, Y (författare)
Nozaki, T (författare)
Ogishima, S (författare)
Ohkura, N (författare)
Ohno, H (författare)
Ohshima, M (författare)
Okada-Hatakeyama, M (författare)
Okazaki, Y (författare)
Orlando, V (författare)
Ovchinnikov, DA (författare)
Passier, R (författare)
Patrikakis, M (författare)
Pombo, A (författare)
Pradhan-Bhatt, S (författare)
Qin, XY (författare)
Rehli, M (författare)
Rizzu, P (författare)
Roy, S (författare)
Sajantila, A (författare)
Sakaguchi, S (författare)
Sato, H (författare)
Satoh, H (författare)
Savvi, S (författare)
Saxena, A (författare)
Schmidl, C (författare)
Schneider, C (författare)
Schulze-Tanzil, GG (författare)
Schwegmann, A (författare)
Sheng, GJ (författare)
Shin, JW (författare)
Sugiyama, D (författare)
Sugiyama, T (författare)
Summers, KM (författare)
Takahashi, N (författare)
Takai, J (författare)
Tanaka, H (författare)
Tatsukawa, H (författare)
Tomoiu, A (författare)
Toyoda, H (författare)
van de Wetering, M (författare)
van den Berg, LM (författare)
Verardo, R (författare)
Vijayan, D (författare)
Wells, CA (författare)
Winteringham, LN (författare)
Wolvetang, E (författare)
Yamaguchi, Y (författare)
Yamamoto, M (författare)
Yanagi-Mizuochi, C (författare)
Yoneda, M (författare)
Yonekura, Y (författare)
Zhang, PG (författare)
Zucchelli, S (författare)
Abugessaisa, I (författare)
Arner, E (författare)
Harshbarger, J (författare)
Kondo, A (författare)
Lassmann, T (författare)
Lizio, M (författare)
Sahin, S (författare)
Sengstag, T (författare)
Severin, J (författare)
Shimoji, H (författare)
Suzuki, M (författare)
Suzuki, H (författare)
Kawai, J (författare)
Kondo, N (författare)
Itoh, M (författare)
Daub, CO (författare)
Kasukawa, T (författare)
Kawaji, H (författare)
Carninci, P (författare)
Forrest, ARR (författare)
Hayashizaki, Y (författare)
Karolinska Institutet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Scientific data: Springer Science and Business Media LLC4, s. 170112-2052-4463

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Scientific data (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Noguchi, S; Arakawa, T; Fukuda, S; Furuno, M; Hasegawa, A; Hori, F; visa fler...; Ishikawa-Kato, S; Kaida, K; Kaiho, A; Kanamori-Katayam ...; Kawashima, T; Kojima, M; Kubosaki, A; Manabe, RI; Murata, M; Nagao-Sato, S; Nakazato, K; Ninomiya, N; Nishiyori-Sueki, ...; Noma, S; Saijyo, E; Saka, A; Sakai, M; Simon, C; Suzuki, N; Tagami, M; Watanabe, S; Yoshida, S; Arner, P; Axton, RA; Babina, M; Baillie, JK; Barnett, TC; Beckhouse, AG; Blumenthal, A; Bodega, B; Bonetti, A; Briggs, J; Brombacher, F; Carlisle, AJ; Clevers, HC; Davis, CA; Detmar, M; Dohi, T; Edge, ASB; Edinger, M; Ehrlund, A; Ekwall, K; Endoh, M; Enomoto, H; Eslami, A; Fagiolini, M; Fairbairn, L; Farach-Carson, M ...; Faulkner, GJ; Ferrai, C; Fisher, ME; Forrester, LM; Fujita, R; Furusawa, J; Geijtenbeek, TB; Gingeras, T; Goldowitz, D; Guhl, S; Guler, R; Gustincich, S; Ha, TJ; Hamaguchi, M; Hara, M; Hasegawa, Y; Herlyn, M; Heutink, P; Hitchens, KJ; Hume, DA; Ikawa, T; Ishizu, Y; Kai, C; Kawamoto, H; Kawamura, YI; Kempfle, JS; Kenna, TJ; Kere, J; Khachigian, LM; Kitamura, T; Klein, S; Klinken, SP; Knox, AJ; Kojima, S; Koseki, H; Koyasu, S; Lee, W; Lennartsson, A; Mackay-sim, A; Mejhert, N; Mizuno, Y; Morikawa, H; Morimoto, M; Moro, K; Morris, KJ; Motohashi, H; Mummery, CL; Nakachi, Y; Nakahara, F; Nakamura, T; Nakamura, Y; Nozaki, T; Ogishima, S; Ohkura, N; Ohno, H; Ohshima, M; Okada-Hatakeyama ...; Okazaki, Y; Orlando, V; Ovchinnikov, DA; Passier, R; Patrikakis, M; Pombo, A; Pradhan-Bhatt, S; Qin, XY; Rehli, M; Rizzu, P; Roy, S; Sajantila, A; Sakaguchi, S; Sato, H; Satoh, H; Savvi, S; Saxena, A; Schmidl, C; Schneider, C; Schulze-Tanzil, ...; Schwegmann, A; Sheng, GJ; Shin, JW; Sugiyama, D; Sugiyama, T; Summers, KM; Takahashi, N; Takai, J; Tanaka, H; Tatsukawa, H; Tomoiu, A; Toyoda, H; van de Wetering, ...; van den Berg, LM; Verardo, R; Vijayan, D; Wells, CA; Winteringham, LN; Wolvetang, E; Yamaguchi, Y; Yamamoto, M; Yanagi-Mizuochi, ...; Yoneda, M; Yonekura, Y; Zhang, PG; Zucchelli, S; Abugessaisa, I; Arner, E; Harshbarger, J; Kondo, A; Lassmann, T; Lizio, M; Sahin, S; Sengstag, T; Severin, J; Shimoji, H; Suzuki, M; Suzuki, H; Kawai, J; Kondo, N; Itoh, M; Daub, CO; Kasukawa, T; Kawaji, H; Carninci, P; Forrest, ARR; Hayashizaki, Y; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Cell och molekyl ...

Artiklar i publikationen: Scientific data

Av lärosätet: Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se