Draft genome sequencing of Giardia intestinalis assemblage B isolate GS: is human giardiasis caused by two different species?

Draft genome sequencing of Giardia intestinalis assemblage B isolate GS : is human giardiasis caused by two different species?

Giardia intestinalis is a major cause of diarrheal disease worldwide and two major Giardia genotypes, assemblages A and B, infect humans. The genome of assemblage A parasite WB was recently sequenced, and the structurally compact 11.7 Mbp genome contains simplified basic cellular machineries and metabolism. We here performed 454 sequencing to 16 x coverage of the assemblage B isolate GS, the only Giardia isolate successfully used to experimentally infect animals and humans. The two genomes show 77% nucleotide and 78% amino-acid identity in protein coding regions. Comparative analysis identified 28 unique GS and 3 unique WB protein coding genes, and the variable surface protein (VSP) repertoires of the two isolates are completely different. The promoters of several enzymes involved in the synthesis of the cyst-wall lack binding sites for encystation-specific transcription factors in GS. Several synteny-breaks were detected and verified. The tetraploid GS genome shows higher levels of overall allelic sequence polymorphism (0.5 versus <0.01% in WB). The genomic differences between WB and GS may explain some of the observed biological and clinical differences between the two isolates, and it suggests that assemblage A and B Giardia can be two different species.

Jerlström-Hultqvist, JonUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)jonje219 (författare)
Castro, Elsie (författare)
Sherwood, EllenKarolinska Institutet (författare)
Ankarklev, JohanUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)joank425 (författare)
Reiner, David S. (författare)
Palm, Daniel (författare)
Andersson, Jan O.Uppsala universitet,Institutionen för evolution, genomik och systematik(Swepub:uu)janander (författare)
Andersson, BjörnKarolinska Institutet (författare)
Svärd, Staffan G.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
Karolinska InstitutetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Ingår i:PLoS Pathogens: Public Library of Science (PLoS)5:8, s. e1000560-1553-73661553-7374

Av författaren/redakt...: Franzen, Oscar; Jerlström-Hultqv ...; Castro, Elsie; Sherwood, Ellen; Ankarklev, Johan; Reiner, David S.; visa fler...; Palm, Daniel; Andersson, Jan O ...; Andersson, Björn; Svärd, Staffan G ...; visa färre...

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.