Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:141351228" >
Patient-specific ca...
-
Mourikis, TP
(författare)
Patient-specific cancer genes contribute to recurrently perturbed pathways and establish therapeutic vulnerabilities in esophageal adenocarcinoma
- Artikel/kapitelEngelska2019
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2019-07-15
-
Springer Science and Business Media LLC,2019
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:141351228
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:141351228URI
-
https://doi.org/10.1038/s41467-019-10898-3DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
The identification of cancer-promoting genetic alterations is challenging particularly in highly unstable and heterogeneous cancers, such as esophageal adenocarcinoma (EAC). Here we describe a machine learning algorithm to identify cancer genes in individual patients considering all types of damaging alterations simultaneously. Analysing 261 EACs from the OCCAMS Consortium, we discover helper genes that, alongside well-known drivers, promote cancer. We confirm the robustness of our approach in 107 additional EACs. Unlike recurrent alterations of known drivers, these cancer helper genes are rare or patient-specific. However, they converge towards perturbations of well-known cancer processes. Recurrence of the same process perturbations, rather than individual genes, divides EACs into six clusters differing in their molecular and clinical features. Experimentally mimicking the alterations of predicted helper genes in cancer and pre-cancer cells validates their contribution to disease progression, while reverting their alterations reveals EAC acquired dependencies that can be exploited in therapy.
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Benedetti, L
(författare)
-
Foxall, E
(författare)
-
Temelkovski, D
(författare)
-
Nulsen, J
(författare)
-
Perner, J
(författare)
-
Cereda, M
(författare)
-
Lagergren, JKarolinska Institutet
(författare)
-
Howell, M
(författare)
-
Yau, C
(författare)
-
Fitzgerald, RC
(författare)
-
Scaffidi, P
(författare)
-
Noorani, A
(författare)
-
Edwards, PAW
(författare)
-
Elliott, RF
(författare)
-
Grehan, N
(författare)
-
Nutzinger, B
(författare)
-
Hughes, C
(författare)
-
Fidziukiewicz, E
(författare)
-
Bornschein, J
(författare)
-
MacRae, S
(författare)
-
Crawte, J
(författare)
-
Northrop, A
(författare)
-
Contino, G
(författare)
-
Li, XD
(författare)
-
de la Rue, R
(författare)
-
Katz-Summercorn, A
(författare)
-
Abbas, S
(författare)
-
Loureda, D
(författare)
-
O'Donovan, M
(författare)
-
Miremadi, A
(författare)
-
Malhotra, S
(författare)
-
Tripathi, M
(författare)
-
Tavare, S
(författare)
-
Lynch, AG
(författare)
-
Eldridge, M
(författare)
-
Secrier, M
(författare)
-
Bower, L
(författare)
-
Devonshire, G
(författare)
-
Jammula, S
(författare)
-
Davies, J
(författare)
-
Crichton, C
(författare)
-
Carroll, N
(författare)
-
Safranek, P
(författare)
-
Hindmarsh, A
(författare)
-
Sujendran, V
(författare)
-
Hayes, SJ
(författare)
-
Ang, Y
(författare)
-
Sharrocks, A
(författare)
-
Preston, SR
(författare)
-
Oakes, S
(författare)
-
Bagwan, I
(författare)
-
Save, V
(författare)
-
Skipworth, RJE
(författare)
-
Hupp, TR
(författare)
-
O'Neill, JR
(författare)
-
Tucker, O
(författare)
-
Beggs, A
(författare)
-
Taniere, P
(författare)
-
Puig, S
(författare)
-
Underwood, TJ
(författare)
-
Walker, RC
(författare)
-
Grace, BL
(författare)
-
Barr, H
(författare)
-
Shepherd, N
(författare)
-
Old, O
(författare)
-
Gossage, J
(författare)
-
Davies, A
(författare)
-
Chang, F
(författare)
-
Zylstra, J
(författare)
-
Mahadeva, U
(författare)
-
Goh, V
(författare)
-
Sanders, G
(författare)
-
Berrisford, R
(författare)
-
Harden, C
(författare)
-
Lewis, M
(författare)
-
Cheong, E
(författare)
-
Kumar, B
(författare)
-
Parsons, SL
(författare)
-
Soomro, I
(författare)
-
Kaye, P
(författare)
-
Saunders, J
(författare)
-
Lovat, L
(författare)
-
Haidry, R
(författare)
-
Igali, L
(författare)
-
Scott, M
(författare)
-
Sothi, S
(författare)
-
Suortamo, S
(författare)
-
Lishman, S
(författare)
-
Hanna, GB
(författare)
-
Peters, CJ
(författare)
-
Moorthy, K
(författare)
-
Grabowska, A
(författare)
-
Turkington, R
(författare)
-
McManus, D
(författare)
-
Khoo, D
(författare)
-
Fickling, W
(författare)
-
Ciccarelli, FD
(författare)
-
Karolinska Institutet
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature communications: Springer Science and Business Media LLC10:1, s. 3101-2041-1723
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Mourikis, TP
-
Benedetti, L
-
Foxall, E
-
Temelkovski, D
-
Nulsen, J
-
Perner, J
-
visa fler...
-
Cereda, M
-
Lagergren, J
-
Howell, M
-
Yau, C
-
Fitzgerald, RC
-
Scaffidi, P
-
Noorani, A
-
Edwards, PAW
-
Elliott, RF
-
Grehan, N
-
Nutzinger, B
-
Hughes, C
-
Fidziukiewicz, E
-
Bornschein, J
-
MacRae, S
-
Crawte, J
-
Northrop, A
-
Contino, G
-
Li, XD
-
de la Rue, R
-
Katz-Summercorn, ...
-
Abbas, S
-
Loureda, D
-
O'Donovan, M
-
Miremadi, A
-
Malhotra, S
-
Tripathi, M
-
Tavare, S
-
Lynch, AG
-
Eldridge, M
-
Secrier, M
-
Bower, L
-
Devonshire, G
-
Jammula, S
-
Davies, J
-
Crichton, C
-
Carroll, N
-
Safranek, P
-
Hindmarsh, A
-
Sujendran, V
-
Hayes, SJ
-
Ang, Y
-
Sharrocks, A
-
Preston, SR
-
Oakes, S
-
Bagwan, I
-
Save, V
-
Skipworth, RJE
-
Hupp, TR
-
O'Neill, JR
-
Tucker, O
-
Beggs, A
-
Taniere, P
-
Puig, S
-
Underwood, TJ
-
Walker, RC
-
Grace, BL
-
Barr, H
-
Shepherd, N
-
Old, O
-
Gossage, J
-
Davies, A
-
Chang, F
-
Zylstra, J
-
Mahadeva, U
-
Goh, V
-
Sanders, G
-
Berrisford, R
-
Harden, C
-
Lewis, M
-
Cheong, E
-
Kumar, B
-
Parsons, SL
-
Soomro, I
-
Kaye, P
-
Saunders, J
-
Lovat, L
-
Haidry, R
-
Igali, L
-
Scott, M
-
Sothi, S
-
Suortamo, S
-
Lishman, S
-
Hanna, GB
-
Peters, CJ
-
Moorthy, K
-
Grabowska, A
-
Turkington, R
-
McManus, D
-
Khoo, D
-
Fickling, W
-
Ciccarelli, FD
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Nature communica ...
- Av lärosätet
-
Karolinska Institutet