SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Frenkel M.)
 

Sökning: WFRF:(Frenkel M.) > (2020-2023) > Disruption of chrom...

  • Akdemir, KCUniversity of Texas MD Anderson Cancer Center (författare)

Disruption of chromatin folding domains by somatic genomic rearrangements in human cancer

  • Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2020-02-05
  • Springer Science and Business Media LLC,2020

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:142915634
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:142915634URI
  • https://doi.org/10.1038/s41588-019-0564-yDOI
  • https://lup.lub.lu.se/record/1228fbf0-3db4-4126-a102-77440ce7e8cdURI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Chromatin is folded into successive layers to organize linear DNA. Genes within the same topologically associating domains (TADs) demonstrate similar expression and histone-modification profiles, and boundaries separating different domains have important roles in reinforcing the stability of these features. Indeed, domain disruptions in human cancers can lead to misregulation of gene expression. However, the frequency of domain disruptions in human cancers remains unclear. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), which aggregated whole-genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types, we analyzed 288,457 somatic structural variations (SVs) to understand the distributions and effects of SVs across TADs. Notably, SVs can lead to the fusion of discrete TADs, and complex rearrangements markedly change chromatin folding maps in the cancer genomes. Notably, only 14% of the boundary deletions resulted in a change in expression in nearby genes of more than twofold.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Le, VTTSalk Institute for Biological Studies (författare)
  • Chandran, SSalk Institute for Biological Studies (författare)
  • Li, YLWellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Verhaak, RGQIMR Berghofer Medical Research Institute (författare)
  • Beroukhim, RDana-Farber Cancer Institute (författare)
  • Campbell, PJWellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Chin, LUniversity of Texas (författare)
  • Dixon, JRSalk Institute for Biological Studies (författare)
  • Futreal, PAUniversity of Texas MD Anderson Cancer Center (författare)
  • Alvarez, EG (författare)
  • Baez-Ortega, A (författare)
  • Beroukhim, R (författare)
  • Boutros, PC (författare)
  • Bowtell, DDL (författare)
  • Brors, B (författare)
  • Burns, KH (författare)
  • Chan, K (författare)
  • Chen, K (författare)
  • Cortes-Ciriano, I (författare)
  • Dueso-Barroso, A (författare)
  • Dunford, AJ (författare)
  • Edwards, PA (författare)
  • Estivill, X (författare)
  • Etemadmoghadam, D (författare)
  • Feuerbach, L (författare)
  • Fink, JL (författare)
  • Frenkel-Morgenstern, M (författare)
  • Garsed, DW (författare)
  • Gerstein, M (författare)
  • Gordenin, DA (författare)
  • Haan, D (författare)
  • Haber, JE (författare)
  • Hess, JM (författare)
  • Hutter, B (författare)
  • Imielinski, M (författare)
  • Jones, DTW (författare)
  • Ju, YS (författare)
  • Kazanov, MD (författare)
  • Klimczak, LJ (författare)
  • Koh, Y (författare)
  • Korbel, JO (författare)
  • Kumar, K (författare)
  • Lee, EA (författare)
  • Lee, JJK (författare)
  • Lynch, AG (författare)
  • Macintyre, G (författare)
  • Markowetz, F (författare)
  • Martincorena, I (författare)
  • Martinez-Fundichely, A (författare)
  • Meyerson, M (författare)
  • Miyano, S (författare)
  • Nakagawa, H (författare)
  • Navarro, FCP (författare)
  • Ossowski, S (författare)
  • Park, PJ (författare)
  • Pearson, JV (författare)
  • Puiggros, M (författare)
  • Rippe, K (författare)
  • Roberts, ND (författare)
  • Roberts, SA (författare)
  • Rodriguez-Martin, B (författare)
  • Schumacher, SE (författare)
  • Scully, R (författare)
  • Shackleton, M (författare)
  • Sidiropoulos, N (författare)
  • Sieverling, L (författare)
  • Stewart, C (författare)
  • Torrents, D (författare)
  • Tubio, JMC (författare)
  • Villasante, I (författare)
  • Waddell, N (författare)
  • Wala, JA (författare)
  • Weischenfeldt, J (författare)
  • Yang, LX (författare)
  • Yao, XT (författare)
  • Yoon, SS (författare)
  • Zamora, J (författare)
  • Zhang, CZ (författare)
  • Borg, ÅkeLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments(Swepub:lu)onk-abo (creator_code:cre_t)
  • Ringnér, MarkusLund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science(Swepub:lu)thep-mri (creator_code:cre_t)
  • Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund(Swepub:lu)onk-jst (creator_code:cre_t)
  • University of Texas MD Anderson Cancer CenterSalk Institute for Biological Studies (creator_code:org_t)
  • PCAWG Consortium

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature genetics: Springer Science and Business Media LLC52:3, s. 294-+1546-17181061-4036

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy