Sökning: WFRF:(Savolainen Otto 1982) >
Expanding functiona...
Expanding functional protein sequence spaces using generative adversarial networks
-
Repecka, Donatas (författare)
-
- Jauniskis, Vykintas (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
Karpus, Laurynas (författare)
-
visa fler...
-
- Rembeza, Elzbieta, 1990 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
Rokaitis, Irmantas (författare)
-
- Zrimec, Jan, 1981 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Poviloniene, Simona (författare)
- Vilniaus universitetas,Vilnius University
-
- Laurynenas, Audrius (författare)
- Vilniaus universitetas,Vilnius University
-
- Viknander, Sandra, 1990 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Abuajwa, Wissam, 1977 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Savolainen, Otto, 1982 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Meskys, Rolandas (författare)
- Vilniaus universitetas,Vilnius University
-
- Engqvist, Martin, 1983 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Zelezniak, Aleksej, 1984 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2021-03-04
- 2021
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Machine Intelligence. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2522-5839. ; 3:4, s. 324-333
- Relaterad länk:
-
https://research.cha...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- De novo protein design for catalysis of any desired chemical reaction is a long-standing goal in protein engineering because of the broad spectrum of technological, scientific and medical applications. However, mapping protein sequence to protein function is currently neither computationally nor experimentally tangible. Here, we develop ProteinGAN, a self-attention-based variant of the generative adversarial network that is able to ‘learn’ natural protein sequence diversity and enables the generation of functional protein sequences. ProteinGAN learns the evolutionary relationships of protein sequences directly from the complex multidimensional amino-acid sequence space and creates new, highly diverse sequence variants with natural-like physical properties. Using malate dehydrogenase (MDH) as a template enzyme, we show that 24% (13 out of 55 tested) of the ProteinGAN-generated and experimentally tested sequences are soluble and display MDH catalytic activity in the tested conditions in vitro, including a highly mutated variant of 106 amino-acid substitutions. ProteinGAN therefore demonstrates the potential of artificial intelligence to rapidly generate highly diverse functional proteins within the allowed biological constraints of the sequence space.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Industriell bioteknik -- Annan industriell bioteknik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Industrial Biotechnology -- Other Industrial Biotechnology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Repecka, Donatas
-
Jauniskis, Vykin ...
-
Karpus, Laurynas
-
Rembeza, Elzbiet ...
-
Rokaitis, Irmant ...
-
Zrimec, Jan, 198 ...
-
visa fler...
-
Poviloniene, Sim ...
-
Laurynenas, Audr ...
-
Viknander, Sandr ...
-
Abuajwa, Wissam, ...
-
Savolainen, Otto ...
-
Meskys, Rolandas
-
Engqvist, Martin ...
-
Zelezniak, Aleks ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
-
TEKNIK OCH TEKNO ...
-
och Industriell biot ...
-
och Annan industriel ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Machine I ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola