WFRF:(Wu Q.)
Sökning: WFRF:(Wu Q.) > (2000-2004) > Accurate Identifica...
- Dewey, C. (författare)
Accurate Identification of Novel Human Genes Through Simultaneous Gene Prediction in Human, Mouse and Rat
- Artikel/kapitelEngelska2004
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2004
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:7bd5f65f-cd77-466a-b25a-1a5a489bb51b
- https://research.chalmers.se/publication/140222URI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- We describe a new method for simultaneously identifying novel homologous genes with identical structure in the human, mouse, and rat genomes by combining pairwise predictions made with the SLAM gene-finding program. Using this method, we found 3698 gene triples in the human, mouse, and rat genomes which are predicted with exactly the same gene structure. We show, both computationally and experimentally, that the introns of these triples are predicted accurately as compared with the introns of other ab initio gene prediction sets. Computationally, we compared the introns of these gene triples, as well as those from other ab initio gene finders, with known intron annotations. We show that a unique property of SLAM, namely that it predicts gene structures simultaneously in two organisms, is key to producing sets of predictions that are highly accurate in intron structure when combined with other programs. Experimentally, we performed reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) in both the human and rat to test the exon pairs flanking introns from a subset of the gene triples for which the human gene had not been previously identified. By performing RT-PCR on orthologous introns in both the human and rat genomes, we additionally explore the validity of using RT-PCR as a method for confirming gene predictions.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Matematik Sannolikhetsteori och statistik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Mathematics Probability Theory and Statistics hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Wu, J.Q. (författare)
- Cawley, S. (författare)
- Alexandersson, Marina,1972 (författare)
- Gibbs, R. (författare)
- Pachter, L. (författare)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Genome Research14:4, s. 661-6641088-90511549-5469
Internetlänk
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Dewey, C.
- Wu, J.Q.
- Cawley, S.
- Alexandersson, M ...
- Gibbs, R.
- Pachter, L.
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Matematik
- och Sannolikhetsteor ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Genetik
- Artiklar i publikationen
- Genome Research
- Av lärosätet
- Chalmers tekniska högskola
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
