Molecular natural history of breast cancer: Leveraging transcriptomics to predict breast cancer progression and aggressiveness

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: L773:2045 7634 > Chalmers tekniska högskola > Molecular natural h...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Cook, Daniel John,1986Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)

Molecular natural history of breast cancer: Leveraging transcriptomics to predict breast cancer progression and aggressiveness

Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2020-03-23
Wiley,2020
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:c31b2c19-de32-4be3-954a-80431fc1e5ee
https://doi.org/10.1002/cam4.2996DOI
https://research.chalmers.se/publication/517238URI
https://gup.ub.gu.se/publication/294430URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

Cancer Medicine published by John Wiley & Sons Ltd. Background: Characterizing breast cancer progression and aggressiveness relies on categorical descriptions of tumor stage and grade. Interpreting these categorical descriptions is challenging because stage convolutes the size and spread of the tumor and no consensus exists to define high/low grade tumors. Methods: We address this challenge of heterogeneity in patient-specific cancer samples by adapting and applying several tools originally created for understanding heterogeneity and phenotype development in single cells (specifically, single-cell topological data analysis and Wanderlust) to create a continuous metric describing breast cancer progression using bulk RNA-seq samples from individual patient tumors. We also created a linear regression-based method to predict tumor aggressiveness in vivo from bulk RNA-seq data. Results: We found that breast cancer proceeds along three convergent phenotype trajectories: luminal, HER2-enriched, and basal-like. Furthermore, 31 296 genes (for luminal cancers), 17 827 genes (for HER2-enriched), and 18 505 genes (for basal-like) are dynamically differentially expressed during breast cancer progression. Across progression trajectories, our results show that expression of genes related to ADP-ribosylation decreased as tumors progressed (while PARP1 and PARP2 increased or remained stable), suggesting the potential for a differential response to PARP inhibitors based on cancer progression. Additionally, we developed a 132-gene expression regression equation to predict mitotic index and a 23-gene expression regression equation to predict growth rate from a single breast cancer biopsy. Conclusion: Our results suggest that breast cancer dynamically changes during disease progression, and growth rate of the cancer cells is associated with distinct transcriptional profiles.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Medicinsk genetik hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Medical Genetics hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Cancer och onkologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Cancer and Oncology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
RNA-seq
systems medicine
patient heterogeneity
disease dynamics
disease dynamics
patient heterogeneity
RNA-seq
systems medicine

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Kallus, Jonatan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences(Swepub:gu)xkallj (författare)
Jörnsten, Rebecka,1971Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences(Swepub:cth)jornsten (författare)
Nielsen, Jens B,1962Novo Nordisk Fonden,Novo Nordisk Foundation,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,BioInnovation Institute (BII)(Swepub:cth)nielsenj (författare)
Chalmers tekniska högskolaInstitutionen för matematiska vetenskaper (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Cancer Medicine: Wiley9:10, s. 3551-35622045-7634

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Cancer Medicine (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Cook, Daniel Joh ...; Kallus, Jonatan, ...; Jörnsten, Rebeck ...; Nielsen, Jens B, ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

Artiklar i publikationen: Cancer Medicine

Av lärosätet: Chalmers tekniska högskola; Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se