id:"swepub:oai:research.chalmers.se:ff4b68e3-c309-46ad-846d-d8405d43d295"
Sökning: id:"swepub:oai:research.chalmers.se:ff4b68e3-c309-46ad-846d-d8405d43d295" > Sampling the Soluti...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Velasco, Sergio,1980Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)
Sampling the Solution Space in Genome-Scale Metabolic Networks Reveals Transcriptional Regulation in Key Enzymes
- Artikel/kapitelEngelska2010
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2010-07-15
- Public Library of Science (PLoS),2010
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:ff4b68e3-c309-46ad-846d-d8405d43d295
- https://research.chalmers.se/publication/124967URI
- https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000859DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Genome-scale metabolic models are available for an increasing number of organisms and can be used to define the region of feasible metabolic flux distributions. In this work we use as constraints a small set of experimental metabolic fluxes, which reduces the region of feasible metabolic states. Once the region of feasible flux distributions has been defined, a set of possible flux distributions is obtained by random sampling and the averages and standard deviations for each of the metabolic fluxes in the genome-scale model are calculated. These values allow estimation of the significance of change for each reaction rate between different conditions and comparison of it with the significance of change in gene transcription for the corresponding enzymes. The comparison of flux change and gene expression allows identification of enzymes showing a significant correlation between flux change and expression change (transcriptional regulation) as well as reactions whose flux change is likely to be driven only by changes in the metabolite concentrations (metabolic regulation). The changes due to growth on four different carbon sources and as a consequence of five gene deletions were analyzed for Saccharomyces cerevisiae. The enzymes with transcriptional regulation showed enrichment in certain transcription factors. This has not been previously reported. The information provided by the presented method could guide the discovery of new metabolic engineering strategies or the identification of drug targets for treatment of metabolic diseases.
Ämnesord och genrebeteckningar
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER Industriell bioteknik hsv//swe
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY Industrial Biotechnology hsv//eng
- saccharomyces-cerevisiae
- models
- integration
- escherichia-coli
- activation
- gene-expression
- biology
- protein
- fluxes
- yeast
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Ågren, Rasmus,1982Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)arasmus (författare)
- Nielsen, Jens B,1962Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)nielsenj (författare)
- Chalmers tekniska högskola (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:PLoS Computational Biology: Public Library of Science (PLoS)6:7, s. 16-161553-734X1553-7358
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- PLoS Computational Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Velasco, Sergio, ...
- Ågren, Rasmus, 1 ...
- Nielsen, Jens B, ...
- Om ämnet
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
- TEKNIK OCH TEKNO ...
- och Industriell biot ...
- Artiklar i publikationen
- PLoS Computation ...
- Av lärosätet
- Chalmers tekniska högskola
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
