id:"swepub:oai:slubar.slu.se:109360"
Sökning: id:"swepub:oai:slubar.slu.se:109360" > Abundance Tracking ...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Brandt, ChristianSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för Molekylära vetenskaper,Department of Molecular Sciences (författare)
Abundance Tracking by Long-Read Nanopore Sequencing of Complex Microbial Communities in Samples from 20 Different Biogas/Wastewater Plants
- Artikel/kapitelEngelska2020
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2020-10-26
- MDPI AG,2020
- MDPI,2024
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:slubar.slu.se:109360
- https://res.slu.se/id/publ/109360URI
- https://doi.org/10.3390/app10217518DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Anaerobic digestion (AD) has long been critical technology for green energy, but the majority of the microorganisms involved are unknown and are currently not cultivable, which makes abundance tracking difficult. Developments in nanopore long-read sequencing make it a promising approach for monitoring microbial communities via metagenomic sequencing. For reliable monitoring of AD via long reads, we established a robust protocol for obtaining less fragmented, high-quality DNA, while preserving bacteria and archaea composition, for a broad range of different biogas reactors. Samples from 20 different biogas/wastewater reactors were investigated, and a median of 20.5 Gb sequencing data per nanopore flow cell was retrieved for each reactor using the developed DNA isolation protocol. The nanopore sequencing data were compared against Illumina sequencing data while using different taxonomic indices for read classifications. The Genome Taxonomy Database (GTDB) index allowed sufficient characterisation of the abundance of bacteria and archaea in biogas reactors with a dramatic improvement (1.8- to 13-fold increase) in taxonomic classification compared to the RefSeq index. Both technologies performed similarly in taxonomic read classification with a slight advantage for Illumina in regard to the total proportion of classified reads. However, nanopore sequencing data revealed a higher genus richness after classification. Metagenomic read classification via nanopore provides a promising approach to monitor the abundance of taxa present in a microbial AD community as an alternative to 16S ribosomal RNA studies or Illumina Sequencing.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Bongcam Rudloff, ErikSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics(Swepub:slu)50410 (författare)
- Müller, BettinaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för Molekylära vetenskaper,Department of Molecular Sciences(Swepub:slu)48328 (författare)
- Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för Molekylära vetenskaper (creator_code:org_t)
- Sveriges lantbruksuniversitet
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Applied Sciences: MDPI AG102076-3417
Internetlänk
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Brandt, Christia ...
- Bongcam Rudloff, ...
- Müller, Bettina
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- Applied Sciences
- Av lärosätet
- Sveriges Lantbruksuniversitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
