Novel GBS-Based SNP Markers for Finger Millet and Their Use in Genetic Diversity Analyses

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: id:"swepub:oai:slubar.slu.se:116779" > Novel GBS-Based SNP...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Brhanie Mesfin, HaftomSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtförädling,Department of Plant Breeding,Addis Ababa University (författare)

Novel GBS-Based SNP Markers for Finger Millet and Their Use in Genetic Diversity Analyses

Artikel/kapitelEngelska2022

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2022-04-26
Frontiers Media SA,2022
Frontiers Media,2024

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:slubar.slu.se:116779
https://res.slu.se/id/publ/116779URI
https://doi.org/10.3389/fgene.2022.848627DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Eleusine coracana (L.) Gaertn., commonly known as finger millet, is a multipurpose crop used for food and feed. Genomic tools are required for the characterization of crop gene pools and their genomics-led breeding. High-throughput sequencing-based characterization of finger millet germplasm representing diverse agro-ecologies was considered an effective method for determining its genetic diversity, thereby suggesting potential candidates for breeding. In this study, the genotyping-by-sequencing (GBS) method was used to simultaneously identify novel single nucleotide polymorphism (SNP) markers and genotype 288 finger millet accessions collected from Ethiopia and Zimbabwe. The accessions were characterized at individual and group levels using 5,226 bi-allelic SNPs, with a minimum allele frequency (MAF) of above 0.05, distributed across 2,500 scaffolds of the finger millet reference genome. The polymorphism information content (PIC) of the SNPs was 0.23 on average, and a quarter of them have PIC values over 0.32, making them highly informative. The grouping of the 288 accessions into seven populations based on geographic proximity and the potential for germplasm exchange revealed a narrow range of observed heterozygosity (Ho; 0.09-0.11) and expected heterozygosity (He) that ranged over twofold, from 0.11 to 0.26. Alleles unique to the different groups were also identified, which merit further investigation for their potential association with desirable traits. The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed a highly significant genetic differentiation among groups of accessions classified based on the geographic region, country of origin, days to flowering, panicle type, and Al tolerance (p < 0.01). The high genetic differentiation between Ethiopian and Zimbabwean accessions was evident in the AMOVA, cluster, principal coordinate, and population structure analyses. The level of genetic diversity of finger millet accessions varies moderately among locations within Ethiopia, with accessions from the northern region having the lowest level. In the neighbor-joining cluster analysis, most of the improved cultivars included in this study were closely clustered, probably because they were developed using genetically less diverse germplasm and/or selected for similar traits, such as grain yield. The recombination of alleles via crossbreeding genetically distinct accessions from different regions of the two countries can potentially lead to the development of superior cultivars.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Ortiz Rios, Rodomiro OctavioSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtförädling,Department of Plant Breeding(Swepub:slu)46847 (författare)
Hammenhag, CeciliaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtförädling,Department of Plant Breeding (författare)
Abreha, Kibrom BerheSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtförädling,Department of Plant Breeding(Swepub:slu)93268 (författare)
Dida, Mulatu GeletaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtförädling,Department of Plant Breeding(Swepub:slu)49157 (författare)
Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för växtförädling (creator_code:org_t)
Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

Ingår i:Frontiers in Genetics: Frontiers Media SA131664-8021

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Frontiers in Genetics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Brhanie Mesfin, ...; Ortiz Rios, Rodo ...; Hammenhag, Cecil ...; Abreha, Kibrom B ...; Dida, Mulatu Gel ...

Om ämnet

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Bioteknologi med ...; och Växtbioteknologi

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Jordbruksvetensk ...

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Bioteknologi med ...; och Genetik och förä ...

Artiklar i publikationen: Frontiers in Gen ...

Av lärosätet: Sveriges Lantbruksuniversitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se