PHAISTOS: A framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure.

Boomsma, WouterLund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Genomgår omorganisation,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Undergoing reorganization,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Undergoing reorganization,Faculty of Science (författare)

We present a new software framework for Markov chain Monte Carlo sampling for simulation, prediction, and inference of protein structure. The software package contains implementations of recent advances in Monte Carlo methodology, such as efficient local updates and sampling from probabilistic models of local protein structure. These models form a probabilistic alternative to the widely used fragment and rotamer libraries. Combined with an easily extendible software architecture, this makes PHAISTOS well suited for Bayesian inference of protein structure from sequence and/or experimental data. Currently, two force-fields are available within the framework: PROFASI and OPLS-AA/L, the latter including the generalized Born surface area solvent model. A flexible command-line and configuration-file interface allows users quickly to set up simulations with the desired configuration. PHAISTOS is released under the GNU General Public License v3.0. Source code and documentation are freely available from http://phaistos.sourceforge.net. The software is implemented in C++ and has been tested on Linux and OSX platforms. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.

Frellsen, Jes (författare)
Harder, Tim (författare)
Bottaro, Sandro (författare)
Johansson, Kristoffer E (författare)
Tian, Pengfei (författare)
Stovgaard, Kasper (författare)
Andreetta, Christian (författare)
Olsson, Simon (författare)
Valentin, Jan B (författare)
Antonov, Lubomir D (författare)
Christensen, Anders S (författare)
Borg, Mikael (författare)
Jensen, Jan H (författare)
Lindorff-Larsen, Kresten (författare)
Ferkinghoff-Borg, Jesper (författare)
Hamelryck, Thomas (författare)
Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisationInstitutionen för astronomi och teoretisk fysik - Genomgår omorganisation (creator_code:org_t)

Ingår i:Journal of Computational Chemistry: Wiley34:19, s. 1697-17051096-987X0192-8651

Av författaren/redakt...: Boomsma, Wouter; Frellsen, Jes; Harder, Tim; Bottaro, Sandro; Johansson, Krist ...; Tian, Pengfei; visa fler...; Stovgaard, Kaspe ...; Andreetta, Chris ...; Olsson, Simon; Valentin, Jan B; Antonov, Lubomir ...; Christensen, And ...; Borg, Mikael; Jensen, Jan H; Lindorff-Larsen, ...; Ferkinghoff-Borg ...; Hamelryck, Thoma ...; visa färre...

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.