Deep Visual Proteomics defines single-cell identity and heterogeneity

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Brunner E) > Kungliga Tekniska Högskolan > Medicin och hälsovetenskap > Deep Visual Proteom...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Deep Visual Proteomics defines single-cell identity and heterogeneity

Mund, A. (författare)

Coscia, F. (författare)

Kriston, A. (författare)

visa fler...

Hollandi, R. (författare)

Kovács, F. (författare)

Brunner, A. -D (författare)

Migh, E. (författare)

Schweizer, L. (författare)

Santos, A. (författare)

Bzorek, M. (författare)

Naimy, S. (författare)

Rahbek-Gjerdrum, L. M. (författare)

Dyring-Andersen, B. (författare)

Bulkescher, J. (författare)

Lukas, C. (författare)

Eckert, M. A. (författare)

Lengyel, E. (författare)

Gnann, Christian (författare): KTH,Cellulär och klinisk proteomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Lundberg, E. (författare)

Horvath, P. (författare)

Mann, M. (författare)

visa färre...

(creator_code:org_t)

2022-05-19
2022
Engelska.
Ingår i: Nature Biotechnology. - : Springer Nature. - 1087-0156 .- 1546-1696. ; 40:8, s. 1231-1240

Relaterad länk:: https://doi.org/10.1...; visa fler...; https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Despite the availabilty of imaging-based and mass-spectrometry-based methods for spatial proteomics, a key challenge remains connecting images with single-cell-resolution protein abundance measurements. Here, we introduce Deep Visual Proteomics (DVP), which combines artificial-intelligence-driven image analysis of cellular phenotypes with automated single-cell or single-nucleus laser microdissection and ultra-high-sensitivity mass spectrometry. DVP links protein abundance to complex cellular or subcellular phenotypes while preserving spatial context. By individually excising nuclei from cell culture, we classified distinct cell states with proteomic profiles defined by known and uncharacterized proteins. In an archived primary melanoma tissue, DVP identified spatially resolved proteome changes as normal melanocytes transition to fully invasive melanoma, revealing pathways that change in a spatial manner as cancer progresses, such as mRNA splicing dysregulation in metastatic vertical growth that coincides with reduced interferon signaling and antigen presentation. The ability of DVP to retain precise spatial proteomic information in the tissue context has implications for the molecular profiling of clinical samples.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)

Nyckelord

Cell culture
Cells
Dermatology
Mass spectrometry
Molecular biology
Oncology
Tissue
Cell identity
Cellular phenotypes
Cellulars
Image-analysis
Laser microdissections
Link protein
Proteomics
Single cell resolution
Single cells
Ultra-high-sensitivity
Proteins
interferon
messenger RNA
proteome
acinar cell carcinoma
adult
antigen presentation
Article
cell heterogeneity
cell nucleus
controlled study
female
human
human cell
human tissue
interferon signaling
laser microdissection
melanocyte
melanoma
middle aged
molecular fingerprinting
phenotype
protein fingerprinting
RNA splicing
salivary gland carcinoma
single cell analysis
U2OS cell line
chemistry
genetics
laser capture microdissection
procedures
Humans

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Nature Biotechnology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Mund, A.; Coscia, F.; Kriston, A.; Hollandi, R.; Kovács, F.; Brunner, A. -D; visa fler...; Migh, E.; Schweizer, L.; Santos, A.; Bzorek, M.; Naimy, S.; Rahbek-Gjerdrum, ...; Dyring-Andersen, ...; Bulkescher, J.; Lukas, C.; Eckert, M. A.; Lengyel, E.; Gnann, Christian; Lundberg, E.; Horvath, P.; Mann, M.; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Cell och molekyl ...

Artiklar i publikationen: Nature Biotechno ...

Av lärosätet: Kungliga Tekniska Högskolan

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se