WFRF:(Enblad Anna Pia)
Sökning: WFRF:(Enblad Anna Pia) > (2024) > Comparison of high-...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods for ex vivo drug screening
-
- Gezelius, Henrik, PhD, 1977- (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Enblad, Anna Pia (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Barnonkologisk och neurologisk forskning
-
- Lundmark, Anders (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Molekylär precisionsmedicin
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- Oxford University Press, 2024
- 2024
- Engelska.
- Ingår i: NAR Genomics and Bioinformatics. - : Oxford University Press. - 2631-9268. ; 6:1
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Functional precision medicine (FPM) aims to optimize patient-specific drug selection based on the unique characteristics of their cancer cells. Recent advancements in high throughput ex vivo drug profiling have accelerated interest in FPM. Here, we present a proof-of-concept study for an integrated experimental system that incorporates ex vivo treatment response with a single-cell gene expression output enabling barcoding of several drug conditions in one single-cell sequencing experiment. We demonstrate this through a proof-of-concept investigation focusing on the glucocorticoid-resistant acute lymphoblastic leukemia (ALL) E/R+ Reh cell line. Three different single-cell transcriptome sequencing (scRNA-seq) approaches were evaluated, each exhibiting high cell recovery and accurate tagging of distinct drug conditions. Notably, our comprehensive analysis revealed variations in library complexity, sensitivity (gene detection), and differential gene expression detection across the methods. Despite these differences, we identified a substantial transcriptional response to fludarabine, a highly relevant drug for treating high-risk ALL, which was consistently recapitulated by all three methods. These findings highlight the potential of our integrated approach for studying drug responses at the single-cell level and emphasize the importance of method selection in scRNA-seq studies. Finally, our data encompassing 27 327 cells are freely available to extend to future scRNA-seq methodological comparisons.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- NAR Genomics and Bioinformatics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Gezelius, Henrik ...
- Enblad, Anna Pia
- Lundmark, Anders
- Åberg, Martin
- Blom, Kristin
- Rudfeldt, Jakob
- visa fler...
- Raine, Amanda
- Harila-Saari, Ar ...
- Rendo, Verónica
- Heinaniemi, Merj ...
- Andersson, Claes
- Nordlund, Jessic ...
- visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
- NAR Genomics and ...
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
