Tyck till om SwePub Sök här!
WFRF:(Grabherr Manfred)
Sökning: WFRF:(Grabherr Manfred) > Zeng Qiandong > Amit Ido > Full-length transcr...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome
-
- Grabherr, Manfred G (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
- Yassour, Moran (författare)
- Haas, Brian J (författare)
- visa fler...
- Levin, Joshua Z (författare)
- Thompson, Dawn A (författare)
- Amit, Ido (författare)
- Adiconis, Xian (författare)
- Fan, Lin (författare)
- Raychowdhury, Raktima (författare)
- Zeng, Qiandong (författare)
- Chen, Zehua (författare)
- Mauceli, Evan (författare)
- Hacohen, Nir (författare)
- Gnirke, Andreas (författare)
- Rhind, Nicholas (författare)
- di Palma, Federica (författare)
- Birren, Bruce W (författare)
- Nusbaum, Chad (författare)
- Friedman, Nir (författare)
- Regev, Aviv (författare)
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2011-05-15
- 2011
- Engelska.
- Ingår i: Nature Biotechnology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1087-0156 .- 1546-1696. ; 29:7, s. 644-652
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Massively parallel sequencing of cDNA has enabled deep and efficient probing of transcriptomes. Current approaches for transcript reconstruction from such data often rely on aligning reads to a reference genome, and are thus unsuitable for samples with a partial or missing reference genome. Here we present the Trinity method for de novo assembly of full-length transcripts and evaluate it on samples from fission yeast, mouse and whitefly, whose reference genome is not yet available. By efficiently constructing and analyzing sets of de Bruijn graphs, Trinity fully reconstructs a large fraction of transcripts, including alternatively spliced isoforms and transcripts from recently duplicated genes. Compared with other de novo transcriptome assemblers, Trinity recovers more full-length transcripts across a broad range of expression levels, with a sensitivity similar to methods that rely on genome alignments. Our approach provides a unified solution for transcriptome reconstruction in any sample, especially in the absence of a reference genome.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Grabherr, Manfre ...
- Yassour, Moran
- Haas, Brian J
- Levin, Joshua Z
- Thompson, Dawn A
- Amit, Ido
- visa fler...
- Adiconis, Xian
- Fan, Lin
- Raychowdhury, Ra ...
- Zeng, Qiandong
- Chen, Zehua
- Mauceli, Evan
- Hacohen, Nir
- Gnirke, Andreas
- Rhind, Nicholas
- di Palma, Federi ...
- Birren, Bruce W
- Nusbaum, Chad
- Lindblad-Toh, Ke ...
- Friedman, Nir
- Regev, Aviv
- visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Mikrobiologi ino ...
- Artiklar i publikationen
- Nature Biotechno ...
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
