WFRF:(Grigaitis Pranas)
Sökning: WFRF:(Grigaitis Pranas) > Whole-cell modeling...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Whole-cell modeling in yeast predicts compartment-specific proteome constraints that drive metabolic strategies
-
- El-Semman, Ibrahim, 1977 (författare)
- Danmarks Tekniske Universitet,Technical University of Denmark,Assiut University
-
- Rodriguez Prado, Angelica (författare)
- Vrije Universiteit Amsterdam (VU),Technische Universiteit Delft,Delft University of Technology (TU Delft)
-
- Grigaitis, Pranas (författare)
- Vrije Universiteit Amsterdam (VU)
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2022-02-10
- 2022
- Engelska.
- Ingår i: Nature Communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723 .- 2041-1723. ; 13:1
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- When conditions change, unicellular organisms rewire their metabolism to sustain cell maintenance and cellular growth. Such rewiring may be understood as resource re-allocation under cellular constraints. Eukaryal cells contain metabolically active organelles such as mitochondria, competing for cytosolic space and resources, and the nature of the relevant cellular constraints remain to be determined for such cells. Here, we present a comprehensive metabolic model of the yeast cell, based on its full metabolic reaction network extended with protein synthesis and degradation reactions. The model predicts metabolic fluxes and corresponding protein expression by constraining compartment-specific protein pools and maximising growth rate. Comparing model predictions with quantitative experimental data suggests that under glucose limitation, a mitochondrial constraint limits growth at the onset of ethanol formation-known as the Crabtree effect. Under sugar excess, however, a constraint on total cytosolic volume dictates overflow metabolism. Our comprehensive model thus identifies condition-dependent and compartment-specific constraints that can explain metabolic strategies and protein expression profiles from growth rate optimisation, providing a framework to understand metabolic adaptation in eukaryal cells.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Cellbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Cell Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- El-Semman, Ibrah ...
- Rodriguez Prado, ...
- Grigaitis, Prana ...
- Garcia, Manuel, ...
- Harman, Victoria
- Holman, Stephen ...
- visa fler...
- van Heerden, Joh ...
- Bruggeman, Frank ...
- Bisschops, Mark, ...
- Sonnenschein, N.
- Hubbard, Simon
- Beynon, Rob
- Daran-Lapujade, ...
- Nielsen, Jens B, ...
- Teusink, B.
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Cellbiologi
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biokemi och mole ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinsk biotek ...
- och Medicinsk biotek ...
- Artiklar i publikationen
- Nature Communica ...
- Av lärosätet
- Chalmers tekniska högskola
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
