WFRF:(Mansour Aly Dina)
Sökning: WFRF:(Mansour Aly Dina) > (2024) > An interactive atla...
- 1 av 2
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
An interactive atlas of genomic, proteomic, and metabolomic biomarkers promotes the potential of proteins to predict complex diseases
-
- Smelik, Martin (författare)
- Karolinska Inst, Sweden
-
- Zhao, Yelin (författare)
- Karolinska Inst, Sweden
-
- Li, Xinxiu (författare)
- Karolinska Inst, Sweden
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- NATURE PORTFOLIO, 2024
- 2024
- Engelska.
- Ingår i: Scientific Reports. - : NATURE PORTFOLIO. - 2045-2322. ; 14:1
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Multiomics analyses have identified multiple potential biomarkers of the incidence and prevalence of complex diseases. However, it is not known which type of biomarker is optimal for clinical purposes. Here, we make a systematic comparison of 90 million genetic variants, 1453 proteins, and 325 metabolites from 500,000 individuals with complex diseases from the UK Biobank. A machine learning pipeline consisting of data cleaning, data imputation, feature selection, and model training using cross-validation and comparison of the results on holdout test sets showed that proteins were most predictive, followed by metabolites, and genetic variants. Only five proteins per disease resulted in median (min-max) areas under the receiver operating characteristic curves for incidence of 0.79 (0.65-0.86) and 0.84 (0.70-0.91) for prevalence. In summary, our work suggests the potential of predicting complex diseases based on a limited number of proteins. We provide an interactive atlas (macd.shinyapps.io/ShinyApp/) to find genomic, proteomic, or metabolomic biomarkers for different complex diseases.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
- 1 av 2
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Smelik, Martin
- Zhao, Yelin
- Li, Xinxiu
- Loscalzo, Joseph
- Sysoev, Oleg
- Mahmud, Firoj
- visa fler...
- Mansour Aly, Din ...
- Benson, Mikael
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
- Scientific Repor ...
- Av lärosätet
- Linköpings universitet
- Karolinska Institutet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
