Predicting functional upstream open reading frames in Saccharomyces cerevisiae

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Sarv Janeli) > (2009) > Predicting function...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Predicting functional upstream open reading frames in Saccharomyces cerevisiae

Selpi, Selpi, 1977 (författare): Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology

Bryant, Christopher H. (författare): University of Salford

Kemp, Graham, 1965 (författare): Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology

visa fler...

Sarv, Janeli, 1981 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg

Kristiansson, Erik, 1978 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Zoologiska institutionen,Department of Zoology,University of Gothenburg

Sunnerhagen, Per, 1959 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg

visa färre...

(creator_code:org_t)

2009-12-30
2009
Engelska.
Ingår i: BMC Bioinformatics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2105. ; 10

Relaterad länk:: https://gup.ub.gu.se... (primary) (free); visa fler...; https://bmcbioinform...; http://publications.... (primary) (free); https://gup.ub.gu.se...; https://doi.org/10.1...; https://research.cha...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Background: Some upstream open reading frames (uORFs) regulate gene expression (i.e., they are functional) and can play key roles in keeping organisms healthy. However, how uORFs are involved in gene regulation is not yet fully understood. In order to get a complete view of how uORFs are involved in gene regulation, it is expected that a large number of experimentally verified functional uORFs are needed. Unfortunately, wet-experiments to verify that uORFs are functional are expensive. Results: In this paper, a new computational approach to predicting functional uORFs in the yeast Saccharomyces cerevisiae is presented. Our approach is based on inductive logic programming and makes use of a novel combination of knowledge about biological conservation, Gene Ontology annotations and genes' responses to different conditions. Our method results in a set of simple and informative hypotheses with an estimated sensitivity of 76%. The hypotheses predict 301 further genes to have 398 novel functional uORFs. Three (RPC11, TPK1, and FOL1) of these 301 genes have been hypothesised, following wet-experiments, by a related study to have functional uORFs. A comparison with another related study suggests that eleven of the predicted functional uORFs from genes LDB17, HEM3, CIN8, BCK2, PMC1, FAS1, APP1, ACC1, CKA2, SUR1, and ATH1 are strong candidates for wet-lab experimental studies. Conclusions: Learning based prediction of functional uORFs can be done with a high sensitivity. The predictions made in this study can serve as a list of candidates for subsequent wet-lab verification and might help to elucidate the regulatory roles of uORFs.

Ämnesord

NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Datavetenskap (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Computer Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Matematik -- Sannolikhetsteori och statistik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Mathematics -- Probability Theory and Statistics (hsv//eng)

Nyckelord

genomics
post-transcriptional regulation
inductive logic programming
machine learning
inductive logic programming

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

BMC Bioinformatics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Selpi, Selpi, 19 ...; Bryant, Christop ...; Kemp, Graham, 19 ...; Sarv, Janeli, 19 ...; Kristiansson, Er ...; Sunnerhagen, Per ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Datavetenskap

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Matematik; och Sannolikhetsteor ...

Artiklar i publikationen: BMC Bioinformati ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Chalmers tekniska högskola

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se