SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:liu-149867"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:liu-149867" > A reassessment of D...

A reassessment of DNA-immunoprecipitation-based genomic profiling

Lentini, Antonio (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
Lagerwall, Cathrine (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
Vikingsson, Svante (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten,Natl Board Forens Med, Dept Forens Genet and Forens Toxicol, Linkoping, Sweden
visa fler...
Mjoseng, Heidi K. (författare)
Univ Edinburgh, Scotland
Douvlataniotis, Dimitrios Karolos (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
Vogt, Hartmut (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus
Green, Henrik (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten,Natl Board Forens Med, Dept Forens Genet and Forens Toxicol, Linkoping, Sweden
Meehan, Richard R. (författare)
Univ Edinburgh, Scotland
Benson, Mikael (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Allergicentrum US
Nestor, Colm (författare)
Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2018-06-25
2018
Engelska.
Ingår i: Nature Methods. - : NATURE PUBLISHING GROUP. - 1548-7091 .- 1548-7105. ; 15:7, s. 499-
Relaterad länk:
https://europepmc.or...
visa fler...
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • DNA immunoprecipitation followed by sequencing (DIP-seq) is a common enrichment method for profiling DNA modifications in mammalian genomes. However, the results of independent DIP-seq studies often show considerable variation between profiles of the same genome and between profiles obtained by alternative methods. Here we show that these differences are primarily due to the intrinsic affinity of IgG for short unmodified DNA repeats. This pervasive experimental error accounts for 50-99% of regions identified as enriched for DNA modifications in DIP-seq data. Correction of this error profoundly altered DNA-modification profiles for numerous cell types, including mouse embryonic stem cells, and subsequently revealed novel associations among DNA modifications, chromatin modifications and biological processes. We conclude that both matched input and IgG controls are essential in order for the results of DIP-based assays to be interpreted correctly, and that complementary, non-antibody-based techniques should be used to validate DIP-based findings to avoid further misinterpretation of genome-wide profiling data.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy