id:"swepub:oai:DiVA.org:su-52568"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-52568" > Simulation of the A...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Simulation of the Amide I Absorption of Stacked β-Sheets
-
- Karjalainen, Eeva-Liisa (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
-
- Ravi, Harish Kumar (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
-
- Barth, Andreas (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
- (creator_code:org_t)
- 2010-12-17
- 2011
- Engelska.
- Ingår i: Journal of Physical Chemistry B. - : American Chemical Society (ACS). - 1520-6106 .- 1520-5207. ; 115:4, s. 749-757
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Aggregated β-sheet structures are associated with amyloid and prion diseases. Techniques capable of revealing detailed structural and dynamical information on β-sheet structure are thus of great biomedical and biophysical interest. In this work, the infrared (IR) amide I spectral characteristics of stacked β-sheets were modeled using the transition dipole coupling model. For a test set of β-sheet stacks, the simulated amide I spectrum was analyzed with respect to the following parameters; intersheet distance, relative rotation of the sheets with respect to each other and the effect of number of sheets stacked. The amide I maximum shifts about 5 cm(-1) to higher wavenumbers when the intersheet distance between two identical β-sheets decreases from 20 to 5 Å. Rotation around the normal of one of the sheets relative to the other results in maximum intersheet coupling near 0° and 180°. Upon of rotation from 0° to 90° at an intersheet distance of 9 Å, the amide I maximum shifts about 3 cm(-1). Tilting of one of the sheets by 30° from the normal results in a shift of the amide I maximum by less than 1 cm(-1). When stacking several β-sheets along the normal, the amide I maximum shifts to higher wavenumbers with increasing stack size. The amide I maximum shifts about 6 cm(-1) when stacking four sheets with an intersheet distance of 9 Å. The study provides an aid in the interpretation of the IR amide I region for experiments involving β-sheets and creates awareness of the many effects that determine the spectrum of β-sheet structures.
Nyckelord
- IR amide I
- β-sheets
- β-sheet structures
- Biophysics
- biofysik
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- Journal of Physical Chemistry B (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Karjalainen, Eev ...
- Ravi, Harish Kum ...
- Barth, Andreas
- Artiklar i publikationen
- Journal of Physi ...
- Av lärosätet
- Stockholms universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
