Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-410215" >
Identification of s...
Identification of spatial compartments in tissue from in situ sequencing data
-
- Partel, Gabriele (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Hilscher, Markus M. (författare)
- Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University
-
- Giorgia, Milli (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion
-
visa fler...
-
- Solorzano, Leslie, 1989- (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Klemm, Anna H (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Nilsson, Mats (författare)
- Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University
-
- Wählby, Carolina, professor, 1974- (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Cold Spring Harbor Laboratory, 2024
- Engelska.
- Relaterad länk:
-
https://www.biorxiv....
-
visa fler...
-
https://www.biorxiv....
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Spatial organization of tissue characterizes biological function, and spatially resolved gene expression has the power to reveal variations of features with high resolution. Here, we propose a novel graph-based in situ sequencing decoding approach that improves recall, enabling precise spatial gene expression analysis. We apply our method on in situ sequencing data from mouse brain sections, identify spatial compartments that correspond with known brain regions, and relate them with tissue morphology.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Elektroteknik och elektronik -- Signalbehandling (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Electrical Engineering, Electronic Engineering, Information Engineering -- Signal Processing (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Neurovetenskaper (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Neurosciences (hsv//eng)
Nyckelord
- in situ sequencing
- spatial omics
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- ovr (ämneskategori)