Genome-Wide Joint Meta-Analysis of SNP and SNP-by-Smoking Interaction Identifies Novel Loci for Pulmonary Function

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-191199" > Genome-Wide Joint M...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hancock, Dana B (författare)

Genome-Wide Joint Meta-Analysis of SNP and SNP-by-Smoking Interaction Identifies Novel Loci for Pulmonary Function

Artikel/kapitelEngelska2012

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2012-12-20
Public Library of Science (PLoS),2012
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-191199
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-191199URI
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003098DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Genome-wide association studies have identified numerous genetic loci for spirometic measures of pulmonary function, forced expiratory volume in one second (FEV1), and its ratio to forced vital capacity (FEV1/FVC). Given that cigarette smoking adversely affects pulmonary function, we conducted genome-wide joint meta-analyses (JMA) of single nucleotide polymorphism (SNP) and SNP-by-smoking (ever-smoking or pack-years) associations on FEV1 and FEV1/FVC across 19 studies (total N = 50,047). We identified three novel loci not previously associated with pulmonary function. SNPs in or near DNER (smallest PJMA = 5.00×10−11), HLA-DQB1 and HLA-DQA2 (smallest PJMA = 4.35×10−9), and KCNJ2 and SOX9 (smallest PJMA = 1.28×10−8) were associated with FEV1/FVC or FEV1 in meta-analysis models including SNP main effects, smoking main effects, and SNP-by-smoking (ever-smoking or pack-years) interaction. The HLA region has been widely implicated for autoimmune and lung phenotypes, unlike the other novel loci, which have not been widely implicated. We evaluated DNER, KCNJ2, and SOX9 and found them to be expressed in human lung tissue. DNER and SOX9 further showed evidence of differential expression in human airway epithelium in smokers compared to non-smokers. Our findings demonstrated that joint testing of SNP and SNP-by-environment interaction identified novel loci associated with complex traits that are missed when considering only the genetic main effects.

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Artigas, María Soler (författare)
Gharib, Sina A (författare)
Henry, Amanda (författare)
Manichaikul, Ani (författare)
Ramasamy, Adaikalavan (författare)
Loth, Daan W (författare)
Imboden, Medea (författare)
Koch, Beate (författare)
McArdle, Wendy L (författare)
Smith, Albert V (författare)
Smolonska, Joanna (författare)
Sood, Akshay (författare)
Tang, Wenbo (författare)
Wilk, Jemma B (författare)
Zhai, Guangju (författare)
Zhao, Jing Hua (författare)
Aschard, Hugues (författare)
Burkart, Kristin M (författare)
Curjuric, Ivan (författare)
Eijgelsheim, Mark (författare)
Elliott, Paul (författare)
Gu, Xiangjun (författare)
Harris, Tamara B (författare)
Janson, ChristerUppsala universitet,Lungmedicin och allergologi,Lung och allergifoskning(Swepub:uu)chrisjn (författare)
Homuth, Georg (författare)
Hysi, Pirro G (författare)
Liu, Jason Z (författare)
Loehr, Laura R (författare)
Lohman, Kurt (författare)
Loos, Ruth J F (författare)
Manning, Alisa K (författare)
Marciante, Kristin D (författare)
Obeidat, Ma'en (författare)
Postma, Dirkje S (författare)
Aldrich, Melinda C (författare)
Brusselle, Guy G (författare)
Chen, Ting-Hsu (författare)
Eiriksdottir, Gudny (författare)
Franceschini, Nora (författare)
Heinrich, Joachim (författare)
Rotter, Jerome I (författare)
Wijmenga, Cisca (författare)
Williams, O Dale (författare)
Bentley, Amy R (författare)
Hofman, Albert (författare)
Laurie, Cathy C (författare)
Lumley, Thomas (författare)
Morrison, Alanna C (författare)
Joubert, Bonnie R (författare)
Rivadeneira, Fernando (författare)
Couper, David J (författare)
Kritchevsky, Stephen B (författare)
Liu, Yongmei (författare)
Wjst, Matthias (författare)
Wain, Louise V (författare)
Vonk, Judith M (författare)
Uitterlinden, André G (författare)
Rochat, Thierry (författare)
Rich, Stephen S (författare)
Psaty, Bruce M (författare)
O'Connor, George T (författare)
North, Kari E (författare)
Mirel, Daniel B (författare)
Meibohm, Bernd (författare)
Launer, Lenore J (författare)
Khaw, Kay-Tee (författare)
Hartikainen, Anna-Liisa (författare)
Hammond, Christopher J (författare)
Gläser, Sven (författare)
Marchini, Jonathan (författare)
Kraft, Peter (författare)
Wareham, Nicholas J (författare)
Völzke, Henry (författare)
Stricker, Bruno H C (författare)
Spector, Timothy D (författare)
Probst-Hensch, Nicole M (författare)
Jarvis, Deborah (författare)
Jarvelin, Marjo-Riitta (författare)
Heckbert, Susan R (författare)
Gudnason, Vilmundur (författare)
Boezen, H Marike (författare)
Barr, R Graham (författare)
Cassano, Patricia A (författare)
Strachan, David P (författare)
Fornage, Myriam (författare)
Hall, Ian P (författare)
Dupuis, Josée (författare)
Tobin, Martin D (författare)
London, Stephanie J (författare)
Uppsala universitetLungmedicin och allergologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:PLoS genetics: Public Library of Science (PLoS)8:12, s. e1003098-1553-7404

Internetlänk

Hitta via bibliotek

PLoS genetics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Hancock, Dana B; Artigas, María S ...; Gharib, Sina A; Henry, Amanda; Manichaikul, Ani; Ramasamy, Adaika ...; visa fler...; Loth, Daan W; Imboden, Medea; Koch, Beate; McArdle, Wendy L; Smith, Albert V; Smolonska, Joann ...; Sood, Akshay; Tang, Wenbo; Wilk, Jemma B; Zhai, Guangju; Zhao, Jing Hua; Aschard, Hugues; Burkart, Kristin ...; Curjuric, Ivan; Eijgelsheim, Mar ...; Elliott, Paul; Gu, Xiangjun; Harris, Tamara B; Janson, Christer; Homuth, Georg; Hysi, Pirro G; Liu, Jason Z; Loehr, Laura R; Lohman, Kurt; Loos, Ruth J F; Manning, Alisa K; Marciante, Krist ...; Obeidat, Ma'en; Postma, Dirkje S; Aldrich, Melinda ...; Brusselle, Guy G; Chen, Ting-Hsu; Eiriksdottir, Gu ...; Franceschini, No ...; Heinrich, Joachi ...; Rotter, Jerome I; Wijmenga, Cisca; Williams, O Dale; Bentley, Amy R; Hofman, Albert; Laurie, Cathy C; Lumley, Thomas; Morrison, Alanna ...; Joubert, Bonnie ...; Rivadeneira, Fer ...; Couper, David J; Kritchevsky, Ste ...; Liu, Yongmei; Wjst, Matthias; Wain, Louise V; Vonk, Judith M; Uitterlinden, An ...; Rochat, Thierry; Rich, Stephen S; Psaty, Bruce M; O'Connor, George ...; North, Kari E; Mirel, Daniel B; Meibohm, Bernd; Launer, Lenore J; Khaw, Kay-Tee; Hartikainen, Ann ...; Hammond, Christo ...; Gläser, Sven; Marchini, Jonath ...; Kraft, Peter; Wareham, Nichola ...; Völzke, Henry; Stricker, Bruno ...; Spector, Timothy ...; Probst-Hensch, N ...; Jarvis, Deborah; Jarvelin, Marjo- ...; Heckbert, Susan ...; Gudnason, Vilmun ...; Boezen, H Marike; Barr, R Graham; Cassano, Patrici ...; Strachan, David ...; Fornage, Myriam; Hall, Ian P; Dupuis, Josée; Tobin, Martin D; London, Stephani ...; visa färre...

Artiklar i publikationen: PLoS genetics

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se