scSPLAT, a scalable plate-based protocol for single cell WGBS library preparation

Raine, Amanda (författare): Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Lundmark, Anders (författare): Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Annett, Alva (författare): Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Wiman, Ann-Christin (författare): Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Cavalli, Marco (författare): Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Wadelius, Claes, 1955- (författare): Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik

Bergin, Claudia (författare): Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Nordlund, Jessica (författare): Uppsala universitet,Molekylär precisionsmedicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

(creator_code:org_t)

Relaterad länk:: https://doi.org/10.1...; visa fler...; https://uu.diva-port... (primary) (Raw object); https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; visa färre...

Abstract Ämnesord

Stäng

DNA methylation is a central epigenetic mark that has diverse roles in gene regulation, development, and maintenance of genome integrity. 5 methyl cytosine (5mC) can be interrogated at base resolution in single cells by using bisulfite sequencing (scWGBS). Several different scWGBS strategies have been described in recent years to study DNA methylation in single cells. However, there remain limitations with respect to cost-efficiency and yield. Herein, we present a new development in the field of scWGBS library preparation; single cell Splinted Ligation Adapter Tagging (scSPLAT). scSPLAT employs a pooling strategy to facilitate sample preparation at a higher scale and throughput than previously possible. We demonstrate the accuracy and robustness of the method by generating data from 225 single K562 cells and from 309 single liver nuclei and compare scSPLAT against other scWGBS methods.

Av författaren/redakt...: Raine, Amanda; Lundmark, Anders; Annett, Alva; Wiman, Ann-Chris ...; Cavalli, Marco; Wadelius, Claes, ...; visa fler...; Bergin, Claudia; Nordlund, Jessic ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinsk biotek ...; och Biomedicinsk lab ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.