Sensitive protein detection using site-specifically oligonucleotide-conjugated nanobody reagents

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Danielson U. Helena) > Sensitive protein d...

Al-Amin, Rasel Abdullah,Researcher,1983-Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Molekylära verktyg,Ulf Landegren (författare)

Sensitive protein detection using site-specifically oligonucleotide-conjugated nanobody reagents

Artikel/kapitelEngelska2022

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2022-07-05
American Chemical Society (ACS),2022
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-461424
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-461424URI
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.2c00584DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

We thank Dr. Junhong Yan for discussions about Nbs oligo conjugation. The Single Cell Proteomic Facility at SciLifeLab, Uppsala for supports to setup PEA assay. This work was supported by a grant (2012-5852) from the Swedish Research Council’s special call for future therapy, Swedish Research Council under grant agreement No. 2020-02258, a Torsten Söderbergs Stiftelse (M130/16) and the European Research Council under the European Union's Seventh Framework Programme (FP/2007-2013)/ ERC Grant Agreement No. 294409, ProteinSeq and from The Swedish Collegium for Advanced Studies (SCAS).
High-quality affinity probes are critical for sensitive and specific protein detection, in particular for detection of protein biomarkers in the early phases of disease development. Proximity extension assays (PEAs) have been used for high-throughput multiplexed protein detection of up to a few thousand different proteins in one or a few microliters of plasma. Clonal affinity reagents can offer advantages over the commonly used polyclonal antibodies (pAbs) in terms of reproducibility and standardization of such assays. Here, we explore nanobodies (Nbs) as an alternative to pAbs as affinity reagents for PEA. We describe an efficient site-specific approach for preparing high-quality oligo-conjugated Nb probes via enzyme coupling using Sortase A (SrtA). The procedure allows convenient removal of unconjugated affinity reagents after conjugation. The purified high-grade Nb probes were used in PEA, and the reactions provided an efficient means to select optimal pairs of binding reagents from a group of affinity reagents. We demonstrate that Nb-based PEA (nano-PEA) for interleukin-6 (IL6) detection can augment assay performance, compared to the use of pAb probes. We identify and validate Nb combinations capable of binding in pairs without competition for IL6 antigen detection by PEA.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinsk bioteknologi Medicinsk bioteknologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Medical Biotechnology Medical Biotechnology hsv//eng
protein detection
PEA
nanobodies
site-specific labeling
Biology with specialization in Molecular Biotechnology
Biologi med inriktning mot molekylär bioteknik

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Muthelo, Phathutshedzo M.Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Molekylära verktyg,Ulf Landegren(Swepub:uu)phamu375 (författare)
Abdurakhmanov, Eldar,1977-Uppsala universitet,Biokemi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Helena U. Danielson(Swepub:uu)eldab338 (författare)
Vincke, CecileStructural Biology Research Center, Vrije Universiteit Brussel, Belgium.,Serge Muyldermans (författare)
Muyldermans, SergeStructural Biology Research Center, Vrije Universiteit Brussel, Belgium,Serge Muyldermans (författare)
Danielson, U. Helena,Professor,1959-Uppsala universitet,Biokemi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Helena Danielson(Swepub:uu)helenads (författare)
Landegren, UlfUppsala universitet,Molekylära verktyg,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Ulf Landegren(Swepub:uu)ulfland (författare)
Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Analytical Chemistry: American Chemical Society (ACS)98:28, s. 10054-100610003-27001520-6882

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Analytical Chemistry (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Al-Amin, Rasel A ...; Muthelo, Phathut ...; Abdurakhmanov, E ...; Vincke, Cecile; Muyldermans, Ser ...; Danielson, U. He ...; visa fler...; Landegren, Ulf; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinsk biotek ...; och Medicinsk biotek ...

Artiklar i publikationen: Analytical Chemi ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se