SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Gellerbring Anna)
 

Sökning: WFRF:(Gellerbring Anna) > Whole-genome inform...

  • Haider, ZahraKarolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden. (författare)

Whole-genome informed circulating tumor DNA analysis by multiplex digital PCR for disease monitoring in B-cell lymphomas : a proof-of-concept study

  • Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Frontiers Media SA,2023
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-331240
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-331240URI
  • https://doi.org/10.3389/fonc.2023.1176698DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:152967475URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20230706
  • IntroductionAnalyzing liquid biopsies for tumor-specific aberrations can facilitate detection of measurable residual disease (MRD) during treatment and at follow-up. In this study, we assessed the clinical potential of using whole-genome sequencing (WGS) of lymphomas at diagnosis to identify patient-specific structural (SVs) and single nucleotide variants (SNVs) to enable longitudinal, multi-targeted droplet digital PCR analysis (ddPCR) of cell-free DNA (cfDNA). MethodsIn 9 patients with B-cell lymphoma (diffuse large B-cell lymphoma and follicular lymphoma), comprehensive genomic profiling at diagnosis was performed by 30X WGS of paired tumor and normal specimens. Patient-specific multiplex ddPCR (m-ddPCR) assays were designed for simultaneous detection of multiple SNVs, indels and/or SVs, with a detection sensitivity of 0.0025% for SV assays and 0.02% for SNVs/indel assays. M-ddPCR was applied to analyze cfDNA isolated from serially collected plasma at clinically critical timepoints during primary and/or relapse treatment and at follow-up. ResultsA total of 164 SNVs/indels were identified by WGS including 30 variants known to be functionally relevant in lymphoma pathogenesis. The most frequently mutated genes included KMT2D, PIM1, SOCS1 and BCL2. WGS analysis further identified recurrent SVs including t(14;18)(q32;q21) (IGH::BCL2), and t(6;14)(p25;q32) (IGH::IRF4). Plasma analysis at diagnosis showed positive circulating tumor DNA (ctDNA) levels in 88% of patients and the ctDNA burden correlated with baseline clinical parameters (LDH and sedimentation rate, p-value <0.01). While clearance of ctDNA levels after primary treatment cycle 1 was observed in 3/6 patients, all patients analyzed at final evaluation of primary treatment showed negative ctDNA, hence correlating with PET-CT imaging. One patient with positive ctDNA at interim also displayed detectable ctDNA (average variant allele frequency (VAF) 6.9%) in the follow-up plasma sample collected 2 years after final evaluation of primary treatment and 25 weeks before clinical manifestation of relapse. ConclusionIn summary, we demonstrate that multi-targeted cfDNA analysis, using a combination of SNVs/indels and SVs candidates identified by WGS analysis, provides a sensitive tool for MRD monitoring and can detect lymphoma relapse earlier than clinical manifestation.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Wasterlid, ToveKarolinska Institutet (författare)
  • Spångberg, Linn DeleskogKarolinska Inst, Dept Med, Div Clin Epidemiol, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Rabbani, LeilyKarolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Jylha, CeciliaKarolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Clin Genet, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Thorvaldsdottir, BirnaKarolinska Institutet (författare)
  • Skaftason, AronKarolinska Institutet (författare)
  • Awier, Hero NikdinKarolinska Univ Hosp, Dept Clin Genet, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Krstic, AleksandraKarolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Clin Genet, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Gellerbring, AnnaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH)(Swepub:kth)PI000000 (författare)
  • Lyander, AnnaKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1l0oby5 (författare)
  • Hägglund, MoaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH)(Swepub:kth)PI000000 (författare)
  • Jeggari, AshwiniKTH,Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH),Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)PI000000 (författare)
  • Rassidakis, GeorgiosKarolinska Institutet (författare)
  • Sonnevi, KristinaKarolinska Institutet (författare)
  • Sander, BirgittaKarolinska Institutet (författare)
  • Rosenquist, RichardKarolinska Institutet (författare)
  • Tham, EmmaKarolinska Institutet (författare)
  • Smedby, Karin E.Karolinska Inst, Dept Med, Div Clin Epidemiol, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Hematol, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Karolinska InstitutetKarolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden. (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Frontiers in Oncology: Frontiers Media SA132234-943X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy