SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Jairus Teele)
 

Sökning: WFRF:(Jairus Teele) > 454 Pyrosequencing ...

LIBRIS Formathandbok  (Information om MARC21)
FältnamnIndikatorerMetadata
00004165naa a2200517 4500
001oai:gup.ub.gu.se/125739
003SwePub
008240528s2010 | |||||||||||000 ||eng|
0247 a https://gup.ub.gu.se/publication/1257392 URI
0247 a https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2010.03373.x2 DOI
040 a (SwePub)gu
041 a eng
042 9 SwePub
072 7a ref2 swepub-contenttype
072 7a art2 swepub-publicationtype
1001 a Tedersoo, L.4 aut
2451 0a 454 Pyrosequencing and Sanger sequencing of tropical mycorrhizal fungi provide similar results but reveal substantial methodological biases
264 c 2010-07-15
264 1b Wiley,c 2010
520 a Compared with Sanger sequencing-based methods, pyrosequencing provides orders of magnitude more data on the diversity of organisms in their natural habitat, but its technological biases and relative accuracy remain poorly understood. This study compares the performance of pyrosequencing and traditional sequencing for species’ recovery of ectomycorrhizal fungi on root tips in a Cameroonian rain forest and addresses biases related to multi-template PCR and pyrosequencing analyses. Pyrosequencing and the traditional method yielded qualitatively similar results, but there were slight, but significant, differences that affected the taxonomic view of the fungal community. We found that most pyrosequencing singletons were artifactual and contained a strongly elevated proportion of insertions compared with natural intra- and interspecific variation. The alternative primers, DNA extraction methods and PCR replicates strongly influenced the richness and community composition as recovered by pyrosequencing. Pyrosequencing offers a powerful alternative for the identification of ectomycorrhizal fungi in pooled root samples, but requires careful selection of molecular tools. A well-populated backbone database facilitates the detection of biological and technical artifacts. The pyrosequencing pipeline is available at http://unite.ut.ee/454pipeline.tgz.
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Ekologi0 (SwePub)106112 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Ecology0 (SwePub)106112 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Bioinformatik och systembiologi0 (SwePub)106102 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Bioinformatics and Systems Biology0 (SwePub)106102 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Zoologi0 (SwePub)106082 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Zoology0 (SwePub)106082 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Mikrobiologi0 (SwePub)106062 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Microbiology0 (SwePub)106062 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Biologix Biologisk systematik0 (SwePub)106122 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Biological Systematics0 (SwePub)106122 hsv//eng
650 7a NATURVETENSKAPx Geovetenskap och miljövetenskapx Annan geovetenskap och miljövetenskap0 (SwePub)105992 hsv//swe
650 7a NATURAL SCIENCESx Earth and Related Environmental Sciencesx Other Earth and Related Environmental Sciences0 (SwePub)105992 hsv//eng
653 a 454 massively parallel pyrosequencing; artifacts; biodiversity; community structure; ectomycorrizal fungi; Korup National Park; PCR bias
7001 a Nilsson, R. Henrik,d 1976u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences4 aut0 (Swepub:gu)xnihen
7001 a Abarenkov, Kessy4 aut
7001 a Jairus, Teele4 aut
7001 a Sadam, Ave4 aut
7001 a Saar, Irja4 aut
7001 a Bahram, Mohammad4 aut
7001 a Bechem, Eneke4 aut
7001 a Chuyong, George4 aut
7001 a Kõljalg, Urmas4 aut
7102 a Göteborgs universitetb Institutionen för växt- och miljövetenskaper4 org
7730 t New Phytologistd : Wileyg 188:1, s. 291-301q 188:1<291-301x 0028-646X
8564 8u https://gup.ub.gu.se/publication/125739
8564 8u https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2010.03373.x

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy