A consensus protocol for the recovery of mercury methylation genes from metagenomes

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Kim Minjae) > (2023) > A consensus protoco...

2 av 2
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

A consensus protocol for the recovery of mercury methylation genes from metagenomes

Capo, Eric (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment,Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC)

Peterson, Benjamin D. (författare): Univ Wisconsin, USA,Department of Bacteriology, University of Wisconsin at Madison, WI, Madison, United States

Kim, Minjae (författare): Colorado State Univ, USA,Natural Resource Ecology Laboratory, Colorado State University, CO, Fort Collins, United States

visa fler...

Jones, Daniel S. (författare): New Mexico Inst Min & Technol, USA;Natl Cave & Karst Res Inst, USA,Department of Earth and Environmental Science, New Mexico Institute of Mining and Technology, NM, Socorro, United States; National Cave and Karst Research Institute, NM, Carlsbad, United States

Acinas, Silvia G. (författare): Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences, CSIC, Barcelona, Spain

Amyot, Marc (författare): Univ Montreal, Canada,Department of Biological Sciences, University of Montréal, QC, Montréal, Canada

Bertilsson, Stefan (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment

Björn, Erik (författare): Umeå universitet,Kemiska institutionen,Umeå University, Sweden

Buck, Moritz (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment

Cosio, Claudia (författare): Univ Reims, France,University of Reims Champagne-Ardenne, UMR-I 02 SEBIO, Reims, France

Elias, Dwayne A. (författare): Elias Consulting LLC, USA,Elias Consulting, LLC, TN, Knoxville, United States

Gilmour, Cynthia (författare): Smithsonian Environm Res Ctr, USA,Smithsonian Environmental Research Center, MD, Edgewater, United States

Goni-Urriza, Marisol (författare): Univ Pau & Pays Adour, France,University of Pau et des Pays de l'Adour, E2S UPPA, CNRS, IPREM, Pau, France

Gu, Baohua (författare): Oak Ridge Natl Lab, USA,Oak Ridge National Laboratory, TN, Oak Ridge, United States

Lin, Heyu (författare): Univ Melbourne, Australia,School of Geography, Earth and Atmospheric Sciences, The University of Melbourne, VIC, Parkville, Australia

Liu, Yu-Rong (författare): Huazhong Agr Univ, China,College of Resources and Environment, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China

McMahon, Katherine (författare): Univ Wisconsin, USA,Department of Bacteriology, University of Wisconsin at Madison, WI, Madison, United States

Moreau, John W. (författare): Univ Glasgow, UK,School of Geographical and Earth Sciences, University of Glasgow, Glasgow, United Kingdom

Pinhassi, Jarone (författare): Linnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Vatten,Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS,Centre for Ecology and Evolution in Microbial Model Systems – EEMiS, Linnaeus University, Kalmar, Sweden

Podar, Mircea (författare): Oak Ridge Natl Lab, USA,Oak Ridge National Laboratory, TN, Oak Ridge, United States

Puente-Sanchez, Fernando (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment

Sanchez, Pablo (författare): Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences, CSIC, Barcelona, Spain

Storck, Veronika (författare): Univ Montreal, Canada,Department of Biological Sciences, University of Montréal, QC, Montréal, Canada

Tada, Yuya (författare): Natl Inst Minamata Dis, Japan,Department of Environment and Public Health, National Institute for Minamata Disease, Kumamoto, Japan

Vigneron, Adrien (författare): Univ Pau & Pays Adour, France,University of Pau et des Pays de l'Adour, E2S UPPA, CNRS, IPREM, Pau, France

Walsh, David A. (författare): Concordia Univ, Canada,Department of Biology, Concordia University, QC, Montreal, Canada

Vandewalle-Capo, Marine (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment

Bravo, Andrea G. (författare): Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences, CSIC, Barcelona, Spain

Gionfriddo, Caitlin M. (författare): Smithsonian Environm Res Ctr, USA,Smithsonian Environmental Research Center, MD, Edgewater, United States

visa färre...

(creator_code:org_t)

2022-08-04
2023
Engelska.
Ingår i: Molecular Ecology Resources. - : John Wiley & Sons. - 1755-098X .- 1755-0998. ; 23:1, s. 190-204

Relaterad länk:: https://doi.org/10.1...; visa fler...; https://lnu.diva-por... (primary) (Raw object); https://umu.diva-por... (primary) (Raw object); https://pub.epsilon.... (primary) (Raw object) (free); https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; https://urn.kb.se/re...; https://res.slu.se/i...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Mercury (Hg) methylation genes (hgcAB) mediate the formation of the toxic methylmercury and have been identified from diverse environments, including freshwater and marine ecosystems, Arctic permafrost, forest and paddy soils, coal-ash amended sediments, chlor-alkali plants discharges and geothermal springs. Here we present the first attempt at a standardized protocol for the detection, identification and quantification of hgc genes from metagenomes. Our Hg-cycling microorganisms in aquatic and terrestrial ecosystems (Hg-MATE) database, a catalogue of hgc genes, provides the most accurate information to date on the taxonomic identity and functional/metabolic attributes of microorganisms responsible for Hg methylation in the environment. Furthermore, we introduce "marky-coco", a ready-to-use bioinformatic pipeline based on de novo single-metagenome assembly, for easy and accurate characterization of hgc genes from environmental samples. We compared the recovery of hgc genes from environmental metagenomes using the marky-coco pipeline with an approach based on coassembly of multiple metagenomes. Our data show similar efficiency in both approaches for most environments except those with high diversity (i.e., paddy soils) for which a coassembly approach was preferred. Finally, we discuss the definition of true hgc genes and methods to normalize hgc gene counts from metagenomes.

Ämnesord

NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Geovetenskap och miljövetenskap -- Miljövetenskap (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Earth and Related Environmental Sciences -- Environmental Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

bioinformatics
hg methylation
hgcAB genes
hg-MATE
marky-coco
mercury
metagenomics
Ecology
Ekologi

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Molecular Ecology Resources (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

2 av 2
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Geovetenskap och ...; och Miljövetenskap

Artiklar i publikationen: Molecular Ecolog ...

Av lärosätet: Linnéuniversitetet; Umeå universitet; Sveriges Lantbruksuniversitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se