Metagenomic Sequencing of Marine Periphyton: Taxonomic and Functional Insights into Biofilm Communities

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: AMNE:(NATURAL SCIENCES) > Metagenomic Sequenc...

LIBRIS Formathandbok (Information om MARC21)

Fältnamn	Indikatorer	Metadata
000		08711naa a2200925 4500
001		oai:gup.ub.gu.se/224888
003		SwePub
008		240528s2015 \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|000 \|\|eng\|
009		oai:research.chalmers.se:c9c6b3b8-4269-4e8b-aa81-7ede2ea81d2c
024	7	a https://gup.ub.gu.se/publication/2248882 URI
024	7	a https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.011922 DOI
024	7	a https://research.chalmers.se/publication/2248882 URI
040		a (SwePub)gud (SwePub)cth
041		a eng
042		9 SwePub
072	7	a ref2 swepub-contenttype
072	7	a art2 swepub-publicationtype
100	1	a Sanli, Kemalu Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg4 aut0 (Swepub:cth)sanli
245	1 0	a Metagenomic Sequencing of Marine Periphyton: Taxonomic and Functional Insights into Biofilm Communities
264		c 2015-10-30
264	1	b Frontiers Media SA,c 2015
520		a Periphyton communities are complex phototrophic, multispecies biofilms that develop on surfaces in aquatic environments. These communities harbor a large diversity of organisms comprising viruses, bacteria, algae, fungi, protozoans and metazoans. However, thus far the total biodiversity of periphyton has not been described. In this study, we use metagenomics to characterize periphyton communities from the marine environment of the Swedish west coast. Although we found approximately ten times more eukaryotic rRNA marker gene sequences compared to prokaryotic, the whole metagenome-based similarity searches showed that bacteria constitute the most abundant phyla in these biofilms. We show that marine periphyton encompass a range of heterotrophic and phototrophic organisms. Heterotrophic bacteria, including the majority of proteobacterial clades and Bacteroidetes, and eukaryotic macro-invertebrates were found to dominate periphyton. The phototrophic groups comprise Cyanobacteria and the alpha-proteobacterial genus Roseobacter, followed by different micro- and macro-algae. We also assess the metabolic pathways that predispose these communities to an attached lifestyle. Functional indicators of the biofilm form of life in periphyton involve genes coding for enzymes that catalyze the production and degradation of extracellular polymeric substances, mainly in the form of complex sugars such as starch and glycogen-like meshes together with chitin. Genes for 278 different transporter proteins were detected in the metagenome, constituting the most abundant protein complexes. Finally, genes encoding enzymes that participate in anaerobic pathways, such as denitrification and methanogenesis, were detected suggesting the presence of anaerobic or low-oxygen micro-zones within the biofilms.
650	7	a LANTBRUKSVETENSKAPERx Bioteknologi med applikationer på växter och djur0 (SwePub)4042 hsv//swe
650	7	a AGRICULTURAL SCIENCESx Agricultural Biotechnology0 (SwePub)4042 hsv//eng
650	7	a TEKNIK OCH TEKNOLOGIERx Miljöbioteknik0 (SwePub)2082 hsv//swe
650	7	a ENGINEERING AND TECHNOLOGYx Environmental Biotechnology0 (SwePub)2082 hsv//eng
650	7	a LANTBRUKSVETENSKAPERx Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiskex Fisk- och akvakulturforskning0 (SwePub)401072 hsv//swe
650	7	a AGRICULTURAL SCIENCESx Agriculture, Forestry and Fisheriesx Fish and Aquacultural Science0 (SwePub)401072 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Annan naturvetenskap0 (SwePub)1072 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Other Natural Sciences0 (SwePub)1072 hsv//eng
650	7	a TEKNIK OCH TEKNOLOGIERx Maskinteknikx Farkostteknik0 (SwePub)203032 hsv//swe
650	7	a ENGINEERING AND TECHNOLOGYx Mechanical Engineeringx Vehicle Engineering0 (SwePub)203032 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Geovetenskap och miljövetenskapx Oceanografi, hydrologi och vattenresurser0 (SwePub)105092 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Earth and Related Environmental Sciencesx Oceanography, Hydrology and Water Resources0 (SwePub)105092 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Annan biologi0 (SwePub)106992 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Other Biological Topics0 (SwePub)106992 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Biologisk systematik0 (SwePub)106122 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Biological Systematics0 (SwePub)106122 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Ekologi0 (SwePub)106112 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Ecology0 (SwePub)106112 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Bioinformatik och systembiologi0 (SwePub)106102 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Bioinformatics and Systems Biology0 (SwePub)106102 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Mikrobiologi0 (SwePub)106062 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Microbiology0 (SwePub)106062 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Zoologi0 (SwePub)106082 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Zoology0 (SwePub)106082 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Botanik0 (SwePub)106072 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Botany0 (SwePub)106072 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Cellbiologi0 (SwePub)106042 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Cell Biology0 (SwePub)106042 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Biokemi och molekylärbiologi0 (SwePub)106022 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Biochemistry and Molecular Biology0 (SwePub)106022 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Geovetenskap och miljövetenskapx Miljövetenskap0 (SwePub)105022 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Earth and Related Environmental Sciencesx Environmental Sciences0 (SwePub)105022 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Data- och informationsvetenskapx Bioinformatik0 (SwePub)102032 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Computer and Information Sciencesx Bioinformatics0 (SwePub)102032 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Data- och informationsvetenskapx Datavetenskap0 (SwePub)102012 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Computer and Information Sciencesx Computer Sciences0 (SwePub)102012 hsv//eng
653		a Shotgun metagenomics
653		a microbial ecology
653		a Marine biofilms
653		a Biofouling
653		a next generation sequencing
653		a Shotgun sequencing
653		a Biodiversity
653		a pathway analysis
653		a Biodiversity
700	1	a Bengtsson-Palme, Johan,d 1985u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg4 aut0 (Swepub:gu)xbengg
700	1	a Nilsson, R. Henrik,d 1976u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg4 aut0 (Swepub:gu)xnihen
700	1	a Kristiansson, Erik,d 1978u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)erikkr
700	1	a Alm Rosenblad, Magnus,d 1957u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Institutionen för marina vetenskaper,Department of Chemistry and Molecular Biology,Department of marine sciences,University of Gothenburg4 aut0 (Swepub:gu)xalmma
700	1	a Blanck, Hans,d 1950u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg4 aut0 (Swepub:gu)xblaha
700	1	a Eriksson, Martin,d 1970u Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology4 aut0 (Swepub:cth)marte
710	2	a Göteborgs universitetb Institutionen för biologi och miljövetenskap4 org
773	0	t Frontiers in Microbiologyd : Frontiers Media SAg 6:1192q 6:1192x 1664-302X
856	4	u https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2015.01192/pdf
856	4	u https://research.chalmers.se/publication/224888/file/224888_Fulltext.pdfx primaryx freey FULLTEXT
856	4 8	u https://gup.ub.gu.se/publication/224888
856	4 8	u https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01192
856	4 8	u https://research.chalmers.se/publication/224888

Hitta via bibliotek

Frontiers in Microbiology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Sanli, Kemal; Bengtsson-Palme, ...; Nilsson, R. Henr ...; Kristiansson, Er ...; Alm Rosenblad, M ...; Blanck, Hans, 19 ...; visa fler...; Eriksson, Martin ...; visa färre...

Om ämnet

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Bioteknologi med ...

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Miljöbioteknik

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Fisk och akvakul ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Annan naturveten ...

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Maskinteknik; och Farkostteknik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Geovetenskap och ...; och Oceanografi hydr ...

visa fler...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Annan biologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Mikrobiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Zoologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Cellbiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Geovetenskap och ...; och Miljövetenskap

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Datavetenskap

visa färre...

Artiklar i publikationen: Frontiers in Mic ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Chalmers tekniska högskola

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se