Non-homologous recombination between Alu and LINE-1 repeats results in a 91 kb deletion in MERTK causing severe retinitis pigmentosa

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Kellgren Therese) > Non-homologous reco...

Jonsson, FridaUmeå universitet,Medicinsk och klinisk genetik (författare)

Non-homologous recombination between Alu and LINE-1 repeats results in a 91 kb deletion in MERTK causing severe retinitis pigmentosa

Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2018
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-153121
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-153121URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Purpose: Retinitis pigmentosa (RP) represents a large group of inherited retinal diseases characterized by clinical and genetic heterogeneity. Among patients with RP in northern Sweden, we identified two severely affected siblings and aimed to reveal a genetic cause underlying their disease.Methods: Whole exome sequencing (WES) was performed on both affected individuals. Sequence variants were filtered using a custom pipeline to find a rare or novel variant predicted to affect protein function. Genome-wide genotyping was used to identify copy number variants (CNVs) and homozygous regions with potential disease causative genes.Results: WES uncovered a novel heterozygous variant in the MER proto-oncogene, tyrosine kinase (MERTK) gene, c.2309A>G, p.Glu770Gly located in the tyrosine kinase domain and predicted to be likely pathogenic. The second variant, a large heterozygous deletion encompassing exons 1 to 7 of the MERTK gene, was revealed with genome-wide genotyping. The CNV analysis suggested breakpoints of the deletion, in the 5′-untranslated region and in intron 7. We identified genomic sequences at the site of the deletion as part of L1ME4b (LINE/L1) and AluSx3 that indicated a non-homologous recombination as a mechanism of the deletion evolvement.Conclusions: Patients with RP in this study were carriers of two novel allelic mutations in the MERTK gene, a missense variant in exon 17 and an approximate 91 kb genomic deletion. Mapping of the deletion breakpoints allowed molecular testing of a cohort of patients with RP with allele-specific PCR. These findings provide additional information about mutations in MERTK for molecular testing of unsolved recessive RP cases and highlight the necessity for analysis of large genomic deletions.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Burstedt, MarieUmeå universitet,Oftalmiatrik(Swepub:umu)maebut83 (författare)
Kellgren, ThereseUmeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik,Computational Life Science Cluster (CLiC)(Swepub:umu)thegan04 (författare)
Golovleva, IrinaUmeå universitet,Medicinsk och klinisk genetik(Swepub:umu)irgo0001 (författare)
Umeå universitetMedicinsk och klinisk genetik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Molecular Vision24, s. 667-6781090-0535

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Molecular Vision (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Jonsson, Frida; Burstedt, Marie; Kellgren, Theres ...; Golovleva, Irina

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Artiklar i publikationen: Molecular Vision

Av lärosätet: Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se