Tyck till om SwePub Sök här!
L773:1367 4803
Sökning: L773:1367 4803 > Forslund Kristoffer > Benchmarking the ne...
- 5 av 5
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Benchmarking the next generation of homology inference tools
-
- Saripella, Ganapathi Varma (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
-
- Sonnhammer, Erik L. L. (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
- Forslund, Kristoffer (författare)
- (creator_code:org_t)
- 2016-06-01
- 2016
- Engelska.
- Ingår i: Bioinformatics. - : Oxford University Press (OUP). - 1367-4803 .- 1367-4811. ; 32:17, s. 2636-2641
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Motivation: Over the last decades, vast numbers of sequences were deposited in public databases. Bioinformatics tools allow homology and consequently functional inference for these sequences. New profile-based homology search tools have been introduced, allowing reliable detection of remote homologs, but have not been systematically benchmarked. To provide such a comparison, which can guide bioinformatics workflows, we extend and apply our previously developed benchmark approach to evaluate the 'next generation' of profile-based approaches, including CS-BLAST, HHSEARCH and PHMMER, in comparison with the non-profile based search tools NCBI-BLAST, USEARCH, UBLAST and FASTA. Method: We generated challenging benchmark datasets based on protein domain architectures within either the PFAM+Clan, SCOP/Superfamily or CATH/Gene3D domain definition schemes. From each dataset, homologous and non-homologous protein pairs were aligned using each tool, and standard performance metrics calculated. We further measured congruence of domain architecture assignments in the three domain databases. Results: CSBLAST and PHMMER had overall highest accuracy. FASTA, UBLAST and USEARCH showed large trade-offs of accuracy for speed optimization. Conclusion: Profile methods are superior at inferring remote homologs but the difference in accuracy between methods is relatively small. PHMMER and CSBLAST stand out with the highest accuracy, yet still at a reasonable computational cost. Additionally, we show that less than 0.1% of Swiss-Prot protein pairs considered homologous by one database are considered non-homologous by another, implying that these classifications represent equivalent underlying biological phenomena, differing mostly in coverage and granularity.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Miljöbioteknik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Environmental Biotechnology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Matematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Mathematics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
- 5 av 5
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Saripella, Ganap ...
- Sonnhammer, Erik ...
- Forslund, Kristo ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
- TEKNIK OCH TEKNO ...
- och Miljöbioteknik
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Matematik
- Artiklar i publikationen
- Bioinformatics
- Av lärosätet
- Stockholms universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
