WFRF:(Enroth Stefan)
Sökning: WFRF:(Enroth Stefan) > (2010-2014) > CanvasDB :
CanvasDB : a local database infrastructure for analysis of targeted- and whole genome re-sequencing projects
-
- Ameur, Adam (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Bunikis, Ignas (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Enroth, Stefan (författare)
- Uppsala universitet,Genomik
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2014-10-03
- 2014
- Engelska.
- Ingår i: Database. - : Oxford University Press (OUP). - 1758-0463. ; , s. bau098-
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- CanvasDB is an infrastructure for management and analysis of genetic variants from massively parallel sequencing (MPS) projects. The system stores SNP and indel calls in a local database, designed to handle very large datasets, to allow for rapid analysis using simple commands in R. Functional annotations are included in the system, making it suitable for direct identification of disease-causing mutations in human exome-(WES) or whole-genome sequencing (WGS) projects. The system has a built-in filtering function implemented to simultaneously take into account variant calls from all individual samples. This enables advanced comparative analysis of variant distribution between groups of samples, including detection of candidate causative mutations within family structures and genome-wide association by sequencing. In most cases, these analyses are executed within just a matter of seconds, even when there are several hundreds of samples and millions of variants in the database. We demonstrate the scalability of canvasDB by importing the individual variant calls from all 1092 individuals present in the 1000 Genomes Project into the system, over 4.4 billion SNPs and indels in total. Our results show that canvasDB makes it possible to perform advanced analyses of large-scale WGS projects on a local server.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Ameur, Adam
- Bunikis, Ignas
- Enroth, Stefan
- Gyllensten, Ulf
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
- Database
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
