Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: (WFRF:(Suh J. S.)) srt2:(2010-2014) > Finding needles in ...

LIBRIS Formathandbok (Information om MARC21)

Fältnamn	Indikatorer	Metadata
000		08738naa a2201765 4500
001		oai:gup.ub.gu.se/200027
003		SwePub
008		240528s2014 \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|000 \|\|eng\|
009		oai:DiVA.org:nrm-1107
024	7	a https://gup.ub.gu.se/publication/2000272 URI
024	7	a https://doi.org/10.1093/database/bau0612 DOI
024	7	a https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:nrm:diva-11072 URI
040		a (SwePub)gud (SwePub)nrm
041		a eng
042		9 SwePub
072	7	a ref2 swepub-contenttype
072	7	a art2 swepub-publicationtype
100	1	a Schoch, Conrad L.4 aut
245	1 0	a Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi
264		c 2014-06-30
264	1	b Oxford University Press (OUP),c 2014
338		a electronic2 rdacarrier
520		a DNA phylogenetic comparisons have shown that morphology-based species recognition often underestimates fungal diversity. Therefore, the need for accurate DNA sequence data, tied to both correct taxonomic names and clearly annotated specimen data, has never been greater. Furthermore, the growing number of molecular ecology and microbiome projects using high-throughput sequencing require fast and effective methods for en masse species assignments. In this article, we focus on selecting and re-annotating a set of marker reference sequences that represent each currently accepted order of Fungi. The particular focus is on sequences from the internal transcribed spacer region in the nuclear ribosomal cistron, derived from type specimens and/or ex-type cultures. Re-annotated and verified sequences were deposited in a curated public database at the National Center for Biotechnology Information (NCBI), namely the RefSeq Targeted Loci (RTL) database, and will be visible during routine sequence similarity searches with NR_prefixed accession numbers. A set of standards and protocols is proposed to improve the data quality of new sequences, and we suggest how type and other reference sequences can be used to improve identification of Fungi.
650	7	a LANTBRUKSVETENSKAPERx Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiskex Markvetenskap0 (SwePub)401062 hsv//swe
650	7	a AGRICULTURAL SCIENCESx Agriculture, Forestry and Fisheriesx Soil Science0 (SwePub)401062 hsv//eng
650	7	a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaperx Mikrobiologi inom det medicinska området0 (SwePub)301092 hsv//swe
650	7	a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicinex Microbiology in the medical area0 (SwePub)301092 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Biologisk systematik0 (SwePub)106122 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Biological Systematics0 (SwePub)106122 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Ekologi0 (SwePub)106112 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Ecology0 (SwePub)106112 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Bioinformatik och systembiologi0 (SwePub)106102 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Bioinformatics and Systems Biology0 (SwePub)106102 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Botanik0 (SwePub)106072 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Botany0 (SwePub)106072 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Biologix Mikrobiologi0 (SwePub)106062 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Biological Sciencesx Microbiology0 (SwePub)106062 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Data- och informationsvetenskapx Datavetenskap0 (SwePub)102012 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Computer and Information Sciencesx Computer Sciences0 (SwePub)102012 hsv//eng
650	7	a NATURVETENSKAPx Data- och informationsvetenskapx Systemvetenskap, informationssystem och informatik0 (SwePub)102022 hsv//swe
650	7	a NATURAL SCIENCESx Computer and Information Sciencesx Information Systems0 (SwePub)102022 hsv//eng
653		a Diversity of life
700	1	a Robbertse, Barbara4 aut
700	1	a Robert, Vincent4 aut
700	1	a Vu, Duong4 aut
700	1	a Cardinali, Gianluigi4 aut
700	1	a Irinyi, Laszlo4 aut
700	1	a Meyer, Wieland4 aut
700	1	a Nilsson, R. Henrik,d 1976u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences4 aut0 (Swepub:gu)xnihen
700	1	a Hughes, Karen4 aut
700	1	a Miller, Andrew N.4 aut
700	1	a Kirk, Paul M.4 aut
700	1	a Abarenkov, Kessy4 aut
700	1	a Aime, M. Catherine4 aut
700	1	a Ariyawansa, Hiran A.4 aut
700	1	a Bidartondo, Martin4 aut
700	1	a Boekhout, Teun4 aut
700	1	a Buyck, Bart4 aut
700	1	a Cai, Qing4 aut
700	1	a Chen, Jie4 aut
700	1	a Crespo, Ana4 aut
700	1	a Crous, Pedro W.4 aut
700	1	a Damm, Ulrike4 aut
700	1	a Beer, Z. Wilhelm De4 aut
700	1	a Dentinger, Bryn T. M.4 aut
700	1	a Divakar, Pradeep K.4 aut
700	1	a Dueñas, Margarita4 aut
700	1	a Feau, Nicolas4 aut
700	1	a Fliegerova, Katerina4 aut
700	1	a García, Miguel A.4 aut
700	1	a Ge, Zai-Wei4 aut
700	1	a Griffith, Gareth W.4 aut
700	1	a Groenewald, Johannes Z.4 aut
700	1	a Groenewald, Marizeth4 aut
700	1	a Grube, Martin4 aut
700	1	a Gryzenhout, Marieka4 aut
700	1	a Gueidan, Cécile4 aut
700	1	a Guo, Liangdong4 aut
700	1	a Hambleton, Sarah4 aut
700	1	a Hamelin, Richard4 aut
700	1	a Hansen, Karenu Naturhistoriska riksmuseet,Enheten för botanik4 aut0 (Swepub:nrm)karehans
700	1	a Hofstetter, Valérie4 aut
700	1	a Hong, Seung-Beom4 aut
700	1	a Houbraken, Jos4 aut
700	1	a Hyde, Kevin D.4 aut
700	1	a Inderbitzin, Patrik4 aut
700	1	a Johnston, Peter R.4 aut
700	1	a Karunarathna, Samantha C.4 aut
700	1	a Kõljalg, Urmas4 aut
700	1	a Kovács, Gábor M.4 aut
700	1	a Kraichak, Ekaphan4 aut
700	1	a Krizsan, Krisztina4 aut
700	1	a Kurtzman, Cletus P.4 aut
700	1	a Larsson, Karl-Henrik,d 19484 aut
700	1	a Leavitt, Steven4 aut
700	1	a Letcher, Peter M.4 aut
700	1	a Liimatainen, Kare4 aut
700	1	a Liu, Jian-Kui4 aut
700	1	a Lodge, D. Jean4 aut
700	1	a Luangsaard, Janet Jennifer4 aut
700	1	a Lumbsch, H. Thorsten4 aut
700	1	a Maharachchikumbura, Sajeewa S.N.4 aut
700	1	a Manamgoda, Dimuthu4 aut
700	1	a Martín, María P.4 aut
700	1	a Minnis, Andrew M.4 aut
700	1	a Moncalvo, Jean-Marc4 aut
700	1	a Mulè, Giuseppina4 aut
700	1	a Nakasone, Karen K.4 aut
700	1	a Niskanen, Tuula4 aut
700	1	a Olariaga, Ibai4 aut
700	1	a Papp, Tamás4 aut
700	1	a Petkovits, Tamás4 aut
700	1	a Pino-Bodas, Raquel4 aut
700	1	a Powell, Martha J.4 aut
700	1	a Raja, Huzefa A.4 aut
700	1	a Redecker, Dirk4 aut
700	1	a Sarmiento-Ramirez, J. M.4 aut
700	1	a Seifert, Keith A.4 aut
700	1	a Shrestha, Bhushan4 aut
700	1	a Stenroos, Soili4 aut
700	1	a Stielow, Benjamin4 aut
700	1	a Suh, Sung-Oui4 aut
700	1	a Tanaka, Kazuaki4 aut
700	1	a Tedersoo, Leho4 aut
700	1	a Telleria, M. Teresa4 aut
700	1	a Udayanga, Dhanushka4 aut
700	1	a Untereiner, Wendy A.4 aut
700	1	a Uribeondo, Javier Diéguez4 aut
700	1	a Subbarao, Krishna V.4 aut
700	1	a Vágvölgyi, Csaba4 aut
700	1	a Visagie, Cobus4 aut
700	1	a Voigt, Kerstin4 aut
700	1	a Walker, Donald M.4 aut
700	1	a Weir, Bevan S.4 aut
700	1	a Weiß, Michael4 aut
700	1	a Wijayawardene, Nalin N.4 aut
700	1	a Wingfield, Michael J.4 aut
700	1	a Xu, J. P.4 aut
700	1	a Yang, Zhu L.4 aut
700	1	a Zhang, Ning4 aut
700	1	a Zhuang, Wen-ying4 aut
700	1	a Federhen, Scott4 aut
710	2	a Göteborgs universitetb Institutionen för biologi och miljövetenskap4 org
773	0	t Database: The Journal of Biological Databases and Curationd : Oxford University Press (OUP)g 2014:bau061, s. 1-21q 2014:bau061<1-21x 1758-0463
856	4	u https://gup.ub.gu.se/publication/200027x primaryx freey FULLTEXT
856	4	u https://doi.org/10.1093/database/bau061
856	4	u https://doi.org/10.1093/database/bau061y Fulltext
856	4 8	u https://gup.ub.gu.se/publication/200027
856	4 8	u https://doi.org/10.1093/database/bau061
856	4 8	u https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:nrm:diva-1107

Hitta via bibliotek

Database: The Journal of Biological Databases and Curation (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Schoch, Conrad L ...; Robbertse, Barba ...; Robert, Vincent; Vu, Duong; Cardinali, Gianl ...; Irinyi, Laszlo; visa fler...; Meyer, Wieland; Nilsson, R. Henr ...; Hughes, Karen; Miller, Andrew N ...; Kirk, Paul M.; Abarenkov, Kessy; Aime, M. Catheri ...; Ariyawansa, Hira ...; Bidartondo, Mart ...; Boekhout, Teun; Buyck, Bart; Cai, Qing; Chen, Jie; Crespo, Ana; Crous, Pedro W.; Damm, Ulrike; Beer, Z. Wilhelm ...; Dentinger, Bryn ...; Divakar, Pradeep ...; Dueñas, Margarit ...; Feau, Nicolas; Fliegerova, Kate ...; García, Miguel A ...; Ge, Zai-Wei; Griffith, Gareth ...; Groenewald, Joha ...; Groenewald, Mari ...; Grube, Martin; Gryzenhout, Mari ...; Gueidan, Cécile; Guo, Liangdong; Hambleton, Sarah; Hamelin, Richard; Hansen, Karen; Hofstetter, Valé ...; Hong, Seung-Beom; Houbraken, Jos; Hyde, Kevin D.; Inderbitzin, Pat ...; Johnston, Peter ...; Karunarathna, Sa ...; Kõljalg, Urmas; Kovács, Gábor M.; Kraichak, Ekapha ...; Krizsan, Kriszti ...; Kurtzman, Cletus ...; Larsson, Karl-He ...; Leavitt, Steven; Letcher, Peter M ...; Liimatainen, Kar ...; Liu, Jian-Kui; Lodge, D. Jean; Luangsaard, Jane ...; Lumbsch, H. Thor ...; Maharachchikumbu ...; Manamgoda, Dimut ...; Martín, María P.; Minnis, Andrew M ...; Moncalvo, Jean-M ...; Mulè, Giuseppina; Nakasone, Karen ...; Niskanen, Tuula; Olariaga, Ibai; Papp, Tamás; Petkovits, Tamás; Pino-Bodas, Raqu ...; Powell, Martha J ...; Raja, Huzefa A.; Redecker, Dirk; Sarmiento-Ramire ...; Seifert, Keith A ...; Shrestha, Bhusha ...; Stenroos, Soili; Stielow, Benjami ...; Suh, Sung-Oui; Tanaka, Kazuaki; Tedersoo, Leho; Telleria, M. Ter ...; Udayanga, Dhanus ...; Untereiner, Wend ...; Uribeondo, Javie ...; Subbarao, Krishn ...; Vágvölgyi, Csaba; Visagie, Cobus; Voigt, Kerstin; Walker, Donald M ...; Weir, Bevan S.; Weiß, Michael; Wijayawardene, N ...; Wingfield, Micha ...; Xu, J. P.; Yang, Zhu L.; Zhang, Ning; Zhuang, Wen-ying; Federhen, Scott; visa färre...

Om ämnet

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Markvetenskap

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Mikrobiologi ino ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

visa fler...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Mikrobiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Datavetenskap

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Systemvetenskap ...

visa färre...

Artiklar i publikationen: Database: The Jo ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Naturhistoriska riksmuseet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se